#使用 -g 选项绘制-m 选项的指定的方法的图像,fep_out是我自己指定的文件夹用来保存输出的文件 $ alchemical_analysis -p dhdl -t 300 -u kBT -m 'dexp+iexp+gins+gdel+ubar+rbar+bar+mbar' -g -o fep_out #会生成dF_state.pdf;dF_state_long.pdf;文件,文件图像在PDF文件中。
M2P是xpm2ps的配置文件，定义输出图像的属性。MDP是模拟配置文件，定义了众多设置。N2T文件对应原子名称和类型，由x2top程序生成。NDX文件是原子索引文件，用于定义不同原子组。PDB文件同样是分子坐标文件，常用于数据导入。RTP文件储存残基力场参数，pdb2gmx会从中查找对应信息。TOP文件是系统拓扑文件，包含...
MDP文件 (.mdp)：模拟配置文件，包含大量控制参数，查阅手册了解详细含义。 N2T文件 (.n2t)：原子名称与类型对照，用于x2top获取原子参数。 NDX文件 (.ndx)：原子索引文件，
N2T文件:原子名称及类型对照文件(.n2t)。x2top程序可以按照原子名称得到该原子的原子类型力场参数,N2T就是x2top程序扫描的数据库,文件很小。文件中文本行有原子名称,原子类型,原子电量,原子质量,该原子与其他原子成键距离等。 NDX文件:原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号,当使用make_ndx程序生成索引文件时...
GROMACS comes with a large selection of flexible tools for trajectory analysis - you won't have to write any code to perform routine analyses. The output is further provided in the form of finished Xmgr/Grace graphs, with axis labels, legends, etc. already in place! A basic trajectory viewe...
N2T 文件:原子名称及类型对照文件(.n2t)。x2top 程序可以按照原子 名称得到该原子的原子类型力场参数,N2T 就是 x2top 程序扫描的数据库, 文件很小。文件中文本行有原子名称,原子类型,原子电量,原子质量, 该原子与其他原子成键距离等。 NDX 文件:原子索引文件(.ndx)。该文件含原子的序号,当使用 make_ndx ...
N2T文件 原子名称及类型对照文件(.n2t)。x2top程序可以按照原子名称得到该原子的原子类型力场参数,N2T就是x2top程序扫描的数据库,文件很小。文件中文本行有原子名称,原子类型,原子电量,原子质量,该原子与其他原子成键距离等。 XPM文件 数据矩阵文件(.xpm)。该文件矩阵中每个值即是矩阵点所表示的物理量大小(也...
那就是写出每个分子的立场参数，找个例子研究一下就知道了。
•NPT集合:系统的粒子数(N)、压力(P)和温度(T)保持不变。 •NVE集合:系统的粒子数(N)、体积(V)和能量(E)保持不变。 1.2 算法参数 GROMACS使用一些算法来模拟分子系统的运动。以下是一些常用的算法参数: •步长(dt):模拟的时间步长,用于更新粒子的位置和速度。 •非键相互作用截断半径(rlist):用于计...
但是msd模块中有-trestart选项可以指定时间起点之间的间隔，而velacc中没有类似于-trestart选项来指定时间...