gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 将.tpr文件传递给genion程序,提示选择替换溶剂分子的group时选择“SOL”(15),得到得到solv_ions.gro文件。 gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral -pname 阳离子的名称 -nname 阴...
通过下面的命令生成一个新的.tpr文件,此时用到的.mdp文件(这里下载)中包含energygrps = Protein JZ4: gmx grompp -f ie.mdp -c npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -o ie.tpr 然后加入-rerun选项调用mdrun,从已有的轨迹文件中重新计算相互作用能: gmx mdrun -deffnm ie -rerun md_0_1...
gmx trjcat -f md_10.xtc md_20.xtc -o final.xtc 此外也可以在延长模拟时直接将新的轨迹续写在之前的轨迹文件中,此时只需通过gmx convert-tpr生成一个同名的tpr文件,然后 gmx mdrun -v -deffnm md -cpi md.cpt
(5)gmx genion(添加离子):-s(输入tpr文件)-o(输出gro文件) -p(top文件) -pname(阳离子名称 NA)-nname(阴离子名称 CL)-neutral(自动中和所带电荷) (6)gmx mdrun(运行):-v(显示更多细节,比如步数,完成时间预计)-deffnm(输出文件名称) (7)gmx trjconv(完整化分子):-s(输入tpr文件)-f(输入xtc文件)-...
Gromacs使用grompp指令(GROMacs Pre-Preocessor)对带有格子信息的gro文件与蛋白质的拓扑文件,还有mdp文件进行处理,从而得到用于mdrun的输入文件*.tpr。tpr为二进制文件。具体指令如下: gmx grompp -f *.mdp -c *.gro -p *.top -o *.tpr -f:指定输入参数文件。mdp文件会有专门的文章叙述 ...
gmx cluster -f md_0_10_center.xtc -s md_0_10.tpr -cutoff 0.8 -b 1000 -wcl 10 -method gromos -sz 其中：-b：指定从多少ps开始分析，一般情况下轨迹前期结构变化较大，可以从稳定后如1000 ps开始分析；-method：指定算法，默认为linkage，可以选jarvis-patrick、monte-carlo、diagonalization、gromos；...
gmx grompp -f ions.mdp -c 1AKI_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 这时产生了.tpr结尾的文件，该文件提供了体系的原子级别描述，还包含了模拟参数说明。第二步就是使用genion模块添加抗衡离子，将一些溶剂水分子替换为离子，输入以下命令：gmx genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol....
1.创建一组.mdp文件, 每个文件指定要使用的不同温度. 根据索引对得到的.tpr文件进行编号, 从0到任意数字(例如, 如果有10个不同的温度, 则名称为prefix_0.tpr, prefix_1.tpr ... prefix_9.tpr). 对GROMACS 4.0之前的版本, 每个副本只能使用一个处理器, 因此要么省略gmx grompp的-np选项, 要么使用-np ...
gmx grompp -f../MDP/ions.mdp -c pro_solv.gro -p topol.top -o ions.tpr 上述命令会获得一个tpr结尾的文件,该文件它提供了我们体系的原子级别的描述。 第二步进行利用Na离子和Cl离子替换溶剂部分水分子,使得体系电荷被中和。命令如下: gmx grompp -f ../MDP/minim.mdp -c pro_solv_ions.gro -p ...