通过上一步生成拓扑的时候,在pdb2gmx命令中使用“-water spce”选项(gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce),gromacs程序选择了默认的SPC/E水模型. (顺便说一下,GROMACS并没有包含所有的水模型,关于不同类型水模型的解释,可以参考资料https://water.lsbu.ac.uk/water/water_m...
使用AmberTools中的ambpdb模块及拓扑文件,坐标文件生成单个苯分子的pdb文件提供给GROMACS使用。 注意这里生成的是AMBER格式的拓扑文件,后面需要使用acpype.py程序将其转换成GROMACS格式的拓扑文件才可进行分子动力学模拟。(由于GROMACS本身没有处理GAFF力场的相关模块,故要做这一步转换) acpye.py是一个python程序,附件将会...
在使用Gromacs进行分子动力学模拟时，拓扑文件(.top)扮演着核心角色。它详细描述了系统中每个原子的固定属性，包括原子类型、成键关系、非键相互作用等。Gromacs模拟依赖于拓扑文件来了解原子及其组合对势能函数的贡献，以及在不同函数中所需的具体参数。拓扑文件包含多种粒子类型，主要包括原子（A）、壳层（...
• CGenFF(https://cgenff.com):能够生成CGenFF力场的GROMACS拓扑文件的在线工具,学术用户必须用edu邮箱才能注册。 以下在线程序已失效: • PRODRG2(http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg):历史非常悠久很有名的生成Gromacs拓扑文件的在线工具。只支持GROMOS87/96力场,生成gromacs和其它一些程序...
【GROMACS】蛋白-配体动力学模拟之一:准备拓扑文件 up主好,我想请问下 输入之后没有ions.tpr产生是哪里出问题了呢
Sobtop是一款由Sobereva开发的GROMACS拓扑文件生成工具，适用于GAFF、AMBER力场，具有高度灵活性和易用性。它能自定义原子类型、自动或手动指认力场参数，以及读取Multiwfn或OpenBabel计算的电荷。acpype是一个Python脚本，适用于基于GAFF力场的有机和部分无机体系的拓扑文件生成。PRODRG2是一个在线工具，专门针对...
依次用sobtop对PF6、TFSI、EC、DEC、DMC按常规方式产生拓扑文件，把各自的itp都include都到主top里，...
GAFF 力场使用 AmberTools+ACPYPE+Gaussian 创建小分子 GAFF 力场的拓扑文件 OPLS-AA 力场TPPMKTOP:OPLS-AA 全原子力场的 GROMACS 拓扑文件生成器 GROMOS 力场 对小分子不建议使用 GROMOS 力场,因为其计算电荷的过程不清楚. 但由于 PRODRG 网站很方便,这里还是提供一个说明, 并结合 Justin 的论文说明如何修改. ...
再重申一下这个工具主要就涉及到就我说的那几类体系,不要乱用。 最后那个说的伪拓扑,意思是产生一个拓扑框架的itp,然后根据文献的参数进行调整和修改成正确的值,比如夹角,键长,电荷等等。参考下面的视演示链接: https://liuyujie714blog.coding.net/s/c3a0bcd2-a6a6-4a1e-b808-50203792699e...
Sobtop是笔者开发的主要用于产生各种类型体系的GROMACS拓扑文件的程序,可以在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop免费下载。过渡金属配合物体系的拓扑文件在以往是很难产生的一类情况,因为里面牵扯到GAFF、OPLS-AA、GROMOS等主流有机分子力场不支持的元素,里面涉及到的键/键角/二面角参数在那些力场里也没有,所以acpype...