gromacs基本文件-输出轨迹文件 TRR文件Trajectory file (.trr),二进制,轨道文件(.trr),一旦运行时输入参数文件(.tpr)可以使用了,我们就可以模拟了。开始运行模拟的程序是 mdrun。当开始运行 mdrun 时,你经常需要的唯一输入文件就是运行输入参数文件(.tpr)。mdrun 的输出文件是轨道文件和一个日志文件(.log)。它包含...
gromacs基本文件-输出轨迹文件 TRR文件Trajectory file (.trr),二进制,轨道文件(.trr),一旦运行时输入参数文件(.tpr)可以使用了,我们就可以模拟了。开始运行模拟的程序是 mdrun。当开始运行 mdrun 时,你经常需要的唯一输入文件就是运行输入参数文件(.tpr)。mdrun 的输出文件是轨道文件和一个日志文件(.log)。它包含...
用vmd将gromacs轨迹转换为动画 1 压缩gromacs的trr轨迹文件 #因为trr格式的轨迹文件包含轨迹 坐标x, 速度v和力f的信息(二进制, 全精度, 可移植),因此占用内存较大。我们把trr格式轨迹压缩成只含坐标x信息的xtc格式可大大减少内存。 gmx trjconv -f md_0_1.trr -s md_0_1.tpr -o md_0_1.xtc -pbc n...
CPT文件:该文件为模拟断点文件(check point,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断(如断电,模拟人发脾气砸电脑等),可以使用该文件重新在断点处开始模拟,以节省模拟时间。同时也...
由于原子类型较多,力场只对存在于生物系统中的原子,外加一些金属、离子等进行参数化。成键以及特殊相互作用通过拓扑文件中的固定列表决定。一些非键相互作用必须被排除,因为他们以及在成键相互作用中被处理。此外,原子还有动态属性,如位置、速度和力,这些参数写入在坐标文件.gro或轨迹文件trr中。
trr:轨迹文件,包含信息更多,文件更大 log:日志文件,较为详细记录每一步 一般顺序: gromacs流程图 命令 (1)gmx pdb2gmx(从库里下载的pdb文件转成gromacs的坐标):-f(输入pdb文件)-o(输出gro文件)-p(输出top文件)-i(输出itp文件)-n(输出ndx)-ignh(舍弃H,系统会自动加上)-ter(肽链两端质子化戴帽子) ...
1.通过Gromacs执行模拟,生成.trr或者.xtc文件。确保拓扑文件(.top)中包含氢键描述信息。 2.运行以下命令,创建氢键指纹文件(.ndx): ``` gmx make_ndx -f -o .ndx ``` 这里,``是模拟输出的.trr或者.xtc文件,``是输出氢键指纹文件的路径和文件名。 3.运行以下命令,使用g_hbond工具计算氢键: ``` gmx...
(1)gromacs(GMX)各种文件格式详细,可以查阅GROMACS手册第5章第6小节,以下为简要介绍。CPT文件:该文件为模拟断点文件(checkpoint,.cpt)。该文件为模拟过程固定时间间隔产生,保存模拟系统所有信息。该文件一部分可以在能量文件(.edr)找到,一部分可以在双精度轨迹文件(.trr)中找到。如果模拟不幸因为外界条件中断(如断电,...
TRR文件:以上同,一般为默认格式。由于所含信息多,可以也EDR文件一起使用,重新开始模拟程序。 XPM文件:数据矩阵文件(.xpm)。该文件矩阵中每个值即是矩阵点所表示的物理量大小(也可以是布尔值)。该文件其实就是二维图,可以失踪xpm2ps转换为图片。 XTC文件:模拟轨迹单精度文件(.xtc)。单精度轨迹文件,文件较TRR和...
TRR文件：模拟轨迹的二进制文件，格式为(.trr)，使用运行输入参数文件(.tpr)启动模拟。TRJ文件：全精度轨迹文件，包含原子坐标、速度、力和能量等信息，格式为(.trj)，文件较大。TRR和TRJ文件经常过大，可根据需求考虑输出帧数和体系大小。gromacs基本文件-数据库文件 aminoacids.dat：包含蛋白质和核算的...