OpenMPI 可选用 CP2K 默认构建的,也可自行编译。我这里考虑到其他软件(ORCA)对 OpenMPI 4.1.1 版本有明确需求,故采用自行编译的 OpenMPI。 sudo dnf install gcc gcc-gfortran wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.1/openmpi-4.1.1.tar.bz2 tar -xf openmpi-4.1.1.tar.bz2 ./configure...
仅加载超算平台的MPICH编译CP2K也出现报错,而超算MPICH+CP2K的OPENMPI包编译CP2K通过,但是无法编译QM/MM版的GROMACS(这里的错误可能完全是由于前面intelMPI被激活的原因) 可用echo &MKLROOT确认有结果且为intelMKL。 3、编译CP2K时,其中一步的主要命令为: ...
1、CP2K2024.3 编译 mkdir soft_openapi cd soft_openapi wget tar -xvf cp2k-2024.3.tar.bz2 cd cp2k-2024.3/tools/toolchain/ sudo sh install_requirements_ubuntu.sh ./install_cp2k_toolchain.sh --with-gcc=system --with-cmake=install --with-openmpi=install --with-fftw=install --with-quip=no...
软件对比3-MD分子动力学软件对比:LAMMPS/GROMACS/AMBER/CHARMM/Materials Studio/CP2K是否免费,好学不?MS杨站长 立即播放 打开App,流畅又高清100+个相关视频 更多 3.5万 151 02:00:51 App LAMMPS第一期_分子动力学模拟基础 1.7万 10 14:34 App Gromacs分子动力学模拟教学视频·第三节·软件安装 2.4万 25 27...
One mustchange the charges and LJ parameters if you use only cp2k to run qm/mm/md. ### seehttps://www.cp2k.org/howto:biochem_qmmm Note theFORCE_EVAL/QMMM#LINKsubsection. This tells cp2k where the two subsystems are linked, in this case through...
是这样的，cp2k产生的pdb轨迹文件里面格式是这样的 体系是一共有308个原子，共30000步 但是用GROMACS做...
1.指令 singularity exec /Dell/Dell14/bianht/gromacs_cp2k/gromacs_cp2k-f.sif gmx_cp2k grompp ...
pythoncp2k2gro.py-xcp2k-pos-1.xyz-ccp2k-1.cell-fgengzijisuan.gro-a 可以用VMD软件可视化 gengzijisuan.gro 文件。 载入轨迹后将显示模式 Display 的 Perspective 改成 Orthographic ,然后点击 Extensions-Tk Console 在面板内输入 pbc box 显示盒子信息。然后在 ...
第4届北京科音CP2K第一性原理计算培训班将于2025年4月19-22日于北京举办,这是全面深入学习CP2K程序和第一性原理计算背景知识,从而顺利上手研究的不可错过的机会。培训内容和报名方式请点击此链接开始,欢迎关注和参加! 第16届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于5月3日至6日于北京举办。这是一次性全面、系统地...
GROMACS还有一个局限性是支持的势函数的类型不是特别多,例如描述Fe等一些金属在文献中没有GROMACS能支持的对势形式,需要用EAM等多体势才行,这在CP2K程序做动力学时可以支持。有这方面研究需求者推荐参加北京科音CP2K第一性原理动力学培训班(http://www.keinsci.com/KFP),里面有充分的相关讲解,但在参加CP2K培训...