PLUMED采样的利用率为67-73%，Colvars的利用率在72-74%，由此可见，在进行自由能采样时Colvars的表现比...
Colvars是非常流行的自由能计算插件，里面实现了大量的自由能计算方法（比如US，eABF，MtD，SMD等），与...
GROMACS是一个在生物物理、材料科学和化学等领域广泛应用的分子动力学模拟软件。以下是关于GROMACS在Ubuntu上的未来发展趋势的概述: 最新版本特性 性能提升:GROMACS 2024.3版本带来了多项性能改进,包括对GPU支持的最新优化,以及自动化的增强采样模拟。 新功能:引入了Colvars库的原生支持,简化了高级增强采样模拟的使用。此外...
Makes the backup convention for Colvars output files consistent with other GROMACS output files (i.e. multiple backups). Currently, only a single backup file with either the .old or .BAK suffix appended is being produced, which is a convention inherited from NAMD. See #5071 (closed) The re...
Summary The version of Colvars currently included in GROMACS 2024 violates the backup file-naming convention of GROMACS, by only keeping a...
下载Gromacs并采用常规安装方法，但需在cmake步骤中进行调整。修改cmake参数，指向提供BLAS和LAPACK的库。加入所需的特性，如GPU加速、MPI、单精度和colvars。特别注意CP2K_LINKER_FLAGS参数的设定，需查阅对应架构的psmp文件以获取具体参数名称，如elapa_openmp或scalapack。编译与测试：运行编译过程，检查...
colvars gas hillwidth 5 hillweight 0.1 welltempered on biastemperature 4000 } 复制代码 ...
1 pore setforce 0.0 0.0 0.0来固定碳纳米管，但是在Colvars运行过程中整个碳纳米管变形，并...
Colvars/gromacs main 10Branches148Tags Code This branch is401 commits behindgromacs/gromacs:main. Folders and files Name Last commit message Last commit date Latest commit acmnpv and mabraham Further consolidate device utils used for HIP and SYCL...
Colvars-patched GROMACS releases; CI disabled until it is fixed in standard GROMACS - GROMACS 2024.3 release · Colvars/gromacs@d0f934a