B体系下分别计算A-A、B-B的Coul-SR与LJ-SR之和，然后在AB溶液体系下计算A-B的Coul-SR与LJ-SR之...
通过energy模块提取感兴趣的能量项。我们感兴趣的是Coul-SR:Protein-JZ4和LJ-SR:Protein-JZ4。 gmx energy-f ie.edr-o interaction_energy.xvg 平均短程Coulombic相互作用能是-20.5 ± 7.4 kJ mol-1,而短程Lennard-Jones相互作用能是 -99.1 ± 7.2 kJ mol-1。我们很想从这两个数据中得出一些结论,但即使是C...
然后通过energy模块提取你想要的能量部分。这里我们感兴趣的是Coul-SR:Protein-JZ4 和LJ-SR:Protein-JZ4: gmx energy -f ie.edr -o interaction_energy.xvg 短程库伦相互作用能的平均值是-20.5 ± 7.4 kJ/mol,短程LJ势能为-99.1 ± 7.2 kJ/mol。你可以很想从这些数值的相对量得出某些结论,但是即使在CHARMM...
在gmx energy给出的选项中,参数LJ(SR)表示短程LJ势能,Disper.corr.表示分子间作用力的色散项,Coulomb(SR)表示短程库伦相互作用,Coul.recip. 表示倒易空间的长程的库伦相互作用。本文抽提上述四种能量数据,另外计算总能量ETOTAL和库伦相互作用COULOMB,ETOTAL加和了上述四种能量,也即所有的范德华相互作用和库伦相互作用,...
Coul-SR:a-a 和LJ-SR:a-a就是a组内的实空间计算的库仑作用和范德华作用，分子内和分子间的非键...
在gmx energy给出的选项中,参数LJ(SR)表示短程LJ势能,Disper.corr.表示分子间作用力的色散项,Coulomb(SR)表示短程库伦相互作用,Coul.recip. 表示倒易空间的长程的库伦相互作用。本文抽提上述四种能量数据,另外计算总能量ETOTAL和库伦相互作用COULOMB,ETOTAL加和了上述四种能量,也即所有的范德华相互作用和库伦相互作用,...
通过能量模块提取感兴趣的能量项。 我们感兴趣的术语是Coul-SR:Protein-JZ4和LJ-SR:Protein-JZ4。 gmx energy -f ie.edr -o interaction_energy.xvg 平均短程库伦相互作用能为-20.5±7.4 kJ mol-1,短程Lennard-Jones能量为-99.1±7.2 kJ mol-1。 从这些数量的相对大小得出结论可能很诱人,但是即使CHARMM的参数...
在给出的选项中,参数LJ(SR)表示短程LJ势能,Disper.corr.表示分子间作用力的色散项,Coulomb(SR)表示短程库伦相互作用,Coul.recip. 表示倒易空间的长程的库伦相互作用。本文抽提上述四种能量数据,另外计算总能量ETOTAL和库伦相互作用COULOMB,ETOTAL加和了上述四种能量,也即所有的范德华相互作用和库伦相互作用,而COULOMB则...
轨迹跑完后定义energygrps=protein ligand,用rerun重新跑轨迹得到protein和ligand之间的LJ-SR,LJ-LR,COUL-SR这三项,还有系统的coul-recip项。我觉得EMM=LJ-SR+LJ-LR+COUL-SR+COUL-LR.可是coul-recip是系统总的长程静电能,而得不到protein和ligand之间的长程静电能COUL-LR。 请问大家这个问题应该怎么解决呢? 我...
我想用g_energy提取出来的能量项来计算结合自由能，但是我提取出来的coul项（coul-LR + coul-SR）...