cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/Geng/Program/GROMACS or cmake ..-DCMAKE_C_COMPILER=mpicc-DCMAKE_CXX_COMPILER=mpicxx-DGMX_MPI=on-DGMX_BUILD_MDRUN_ONLY=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/Geng/Program/GROMACS or cmake ..-DGMX_OPENMP=ON-DCMAKE_INSTALL...
Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc_grps = protein non-protein ref_t = 300 300 记住:如果要加入氯离子,需要重新运行第6步的grompp。首先删除旧的 fws_em.tpr 文件,然后运行下面的 grompp命令: grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr 9 在后台运行能量最小化 n...
Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc_grps = protein non-protein ref_t = 300 300 记住:如果要加入氯离子,需要重新运行第6步的grompp。首先删除旧的 fws_em.tpr 文件,然后运行下面的 grompp命令: grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr 9 在后台运行能量最小化 n...
; Berendsen temperature coupling using vel rescaling is on Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc_grps = protein non-protein ref_t = 300 300 记住:如果要加入氯离子,需要重新运行第6步的grompp。首先删除旧的 fws_em.tpr 文件,然后运行下面的 grompp命令: grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb ...
Tcoupl = v-rescale tau_t = 0.1 0.1 tc_grps = protein non-protein ref_t = 300 300 记住:如果要加入氯离子,需要重新运行第6步的grompp。首先删除旧的 fws_em.tpr 文件,然后运行下面的 grompp命令: grompp –f em.mdp –c fws_ion.pdb –p fws.top –o fws_em.tpr 9 nohup mdrun –v –s ...
tcoupl=V-rescale tc-grps=Protein Non-Protein tau_t=0.10.1 ref_t=300300 pcoupl=no pbc=xyz DispCorr=EnerPres gen_vel=yes gen_temp=300 gen_seed=−1 Thegromppandmdrunmodules are used just as we did at the EM step: gmx grompp -f nvt.mdp -c em2.gro -p topol.top -o nvt.tpr ...
gromacs推荐使用conda安装:conda install -c bioconda gromacs 下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可 去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子 grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb 1. 生成拓扑文件 gmx pdb2gmx -f 1AKI_clean.pdb -o 1AKI_processed.gro -water spce ...
Gromacs模拟基本流程