4.叠合两结构并输出RMSD “gmx confrms”可将两个分子结构进行叠合，并且计算RMSD值，值得一提的是，叠合的两个结构的原子数可以不相同，只要用于叠合的两个索引组一样即可。常用命令为：gmx confrms -f1 structure_1.gro -f2 structure_2.gro -o fit.pdb -n1 index_1.ndx -n2 index_2.ndx 通过以上命令...
提交GROMACS作业有两种方式: 通过SSH命令行执行,具体操作请参见通过Donau Scheduler命令行提交作业。 通过Donau Portal页面执行,具体操作请参见通过运营平台跳转到Donau Portal提交作业。 通过Donau Scheduler命令行提交作业 通过运营平台跳转到Donau Portal提交作业
作为科学工作站和服务器的增值供应商,联泰集群定期提供各种 GPU 配置的参考基准,以指导分子动力学科学家采购适合其研究的优化系统。在本博客中,我们使用 GROMACS MD 对多个服务器平台和不同 GPU 配置的性能进行了基准测试,并评估了每天执行的模拟总纳秒数。 您是否正在为药物发现等分子动力学研究寻找高性能计算工作站...
Gromacs的安装为初学者带来了很多麻烦,特别是在不熟悉Linux操作系统的情况下。在此为大家带来Windows和Linux系统下的安装流程,无脑跟随步骤即可。 安装系统为Windows10专业版及Linux 22.04 Wins版: 此版本适用于带独立显卡加速运算,完成gmx步骤中盒子建立和溶剂填充后,后续的步骤在wins下运行速度不弱于Linux 查看版本对应...
非平衡分子动力学模拟(Non-equilibrium Molecular Dynamics,NEMD)是一种模拟方法,用于研究系统在非平衡态下的动力学行为。在传统的分子动力学模拟中,系统处于平衡态,所有分子之间的相互作用力是在热平衡条件下进行的。而在非平衡分子动力学模拟中,系统受到外部驱动力的作用,例如温度梯度、剪切应力等,以模拟实际的非平衡...
GROMACS是一个使用经典分子动力学理论研究蛋白质动力学的高端的高效的工具。GROMACS是遵守GNU许可的免费软件,可以从以下站点下载:http://www.gromacs.org,并且可以在linux和 Windows上使用。 在本教程中,将研究一个从漏斗形蜘蛛的毒液中分离的毒素。我们将使用显性溶剂动力学的方法来进行研究。首先比较真空中和溶解的模...
本系列教程针对的群体:非计算化学专业,而是偏生物方向的、有少量分子动力学模拟需求的人群。比如我本人当时在一个抗体工程实验室,之前从未接触过计算化学相关,甚至没有编程基础,课题组里面没有人接触过计算化学,也没有任何能讲授相关背景知识的人,但导师需要在一周到两周的时间内给出阶段性成果。所以比起懂与不懂,...
GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。它可以用于几百万个粒子体系的分子动力学模拟研究,特别是生物体系,比如磷脂双分子层生物膜、蛋白质、药物分子等。另外,GROMACS能够非常快速地计算非键作用,因此也可用于非生物体系,如聚合物、一些有机物、无机物等。并...
但是我要说的并非这个，我最终得到的结论是: 只要GROMACS开GPU加速，即便是用相同随机数并且使用同一个...
Umbrella Sampling: Also somewhat advanced, this tutorial is intended for users who wish to learn to use umbrella sampling to calculate the potential of mean force (PMF) along a single, linear degree of freedom. Biphasic Systems: The construction of a biphasic cyclohexane-water system. Protein-Lig...