如何利用GROMACS自带的 covar、anaeig、sham命令绘制自由能形貌图 如何利用R语言库Bio3D进行轨迹的主成分分析 1. 利用gmx绘制FEL 下文绘制FEL的轨迹来自于某一蛋白(某五聚体)模拟的后20ns,也即使用的是模拟稳定之后的状态下的蛋白轨迹。其文件为pro20.xtc,对应的参数文件为pro.tpr。使用的gmx为2019.3版本。 在最...
gmx trjconv -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -o traj.pdb -dt 100 以上命令导出的全部帧都保存为一个PDB文件，如果需要将每一帧都输出为独立的PDB文件，可以通过“-sep”命令来指定。3.计算平均结构 “gmx covar”主要用来计算并对角化（质量加权的）结构协方差矩阵，也可以用来计算平均结构。gmx...
输出文件中包含两个位置重叠的结构。 3.3 g_covar计算斜方差 也可用于从动态轨迹计算平均结构。如计算1ns动态模拟的后200ps的平均结构: g_covar –f traj.xtc –s topol.tpr –b 801 –e 1000 –av traj_avg.pdb 警告-平均结构往往较粗糙,需进一步执行能量最小化。 3.4 g_energy能量数据作图,如压力、体积...
3.计算平均结构 “gmx covar”主要用来计算并对角化(质量加权的)结构协方差矩阵,也可以用来计算平均结构。 gmx covar -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -b 500 -e 800 -av traj_aveg.pdb 以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为traj_aveg.pdb。 此外,上期内...
“gmx covar”主要用来计算并对角化(质量加权的)结构协方差矩阵,也可以用来计算平均结构。 gmxcovar-smd_0_10.tpr-fmd_0_10_center.xtc-b500-e800-avtraj_aveg.pdb 以上命令可以得到分子动力学模拟轨迹中500到800 ps的分子平均结构,结果输出为...
2、用的分析工具143.3 g_covar 计算斜方差163.4 g_energy 能量数据作图,如压力、体积、密度等163.5 g_gyrate 测量回旋半径173.6 g_rms 与 g_rmsdist 计算结构的RMSD 值173.7 g_rmsf 计算原子位置的根均方波动( rmsf )183.8 do_dssp 计算模型的二级结构203.9 g_hbond 计算模拟过程中分子间的氢键的数目、距离或...
g_covar –f traj.xtc –s topol.tpr –b 801 –e 1000 –av traj_avg.pdb 警告-平均结构往往较粗糙,需进一步执行能量最小化。 3.4 g_energy g_energy –f md.edr –o fws_pe.xvg 首先要选择输出(*.xvg)的数据。输出文件是一个电子数据表,可以用Xmgr或Grace打 开。它是一个文本文件,在进行一些小...
16-1g_covar计算和对角化协方差矩阵 16-2g_anaeig分析特征向量 16-3make_edi生成输入文件用于本质动力学抽样 17Normal modes正态模式 17-1grompp生成运行输入文件 17-2mdrun发现一个潜在的能量最低 17-3mdrun计算Hessian 17-4g_nmeig对角化Hessian 17-5g_nmtraj产生本征模的振荡轨迹 17-6g_anaeig正态模式分析...
(也能够用 VMD观察轨迹文件) 12 3比较常用的解析工具 14 g_covar计算斜方差 16 g_energy 能量数据作图,如压力、体积、密度等 16 g_gyrate 测量回旋半径 17 g_rms 与g_rmsdist 计算结构的RMSD值 17 g_rmsf计算原子地址的根均方颠簸( rmsf) 18 do_dssp计算模型的二级结构 20 g_hbond 计算模拟过程中分子...
3.3g_covar计算斜方差...16 3.4g_energy能量数据作图,如压力、体积、密度等...16 3.5g_gyrate测量回旋半径...17 3.6g_rms与g_rmsdist计算结构的RMSD值...