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conda create --name Amber24 python=3.12 conda activate Amber24 conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ ambertools AmberTools就安装好了 Gromacs # 创建conda环境 conda create --name gmx python=3.10 conda activate gmx cudatoolkit我这台机子已经有了就不说了...
conda安装Gromacs 创建虚拟环境 conda create -n gmx 激活虚拟环境 conda activate gmx 搜索可构建的gromacs版本 conda search gromacs -c conda-forge 安装gromacs conda install gromacs=2023.3=nompi_cuda_h6303bc7_3 -c conda-forge
GROMACS version:2022.2-conda_forge Python: 3.10.5 #conda activate MD 1. printf "8" | gmx pdb2gmx -f X_spdbv.pdb -o X_processed.gro -water spc -ignh时 Fatal error: atom C1 not found in buiding block 1MET while combining tdb and rtp 或者总电荷不为整数时: 改成:printf "8" | gmx...
要在conda环境中安装GROMACS 2022,你可以按照以下步骤进行操作: 确认系统中已安装conda: 确保你的系统中已经安装了conda。你可以通过在终端或命令提示符中输入以下命令来检查conda是否已安装: bash conda --version 如果系统提示conda的版本号,则说明conda已安装。如果未安装,你需要先安装conda。 查找gromacs2022的conda...
gromacs是比较老的玩意了,虽然不断在升级,但是conda上的gromacs属于2.7版本 conda create -n gromacs ## 不需要指定python版本 conda activate gromacs ##不需要我说这是干啥的吧 然后安装吧,conda会自动为你配置好需要的,只是最终安装好的gromacs是2018版本 ...
1 Rocky Linux 9.3系统安装前的准备1.1软硬件基础 两台电脑,一台单路16核的linux系统的电脑和一...
今天开始学习跟着官网的tutorial学习Gromacs2020.3的操作和运行。tutorial本尊| Gromacs的安装很简单,我是在conda下面安装的的,直接就是2020.3的版本。 Tutorial 1:Molecular Modeling Practical 分子建模 模型分子 泛素连接酶E2 1.简单背景 👇 泛素连接酶也叫E2酶,参与泛素途径的第二步骤。这一反应属于蛋白的转录后修饰...
1. 在某些情况下需要安装MPI依赖关系。仅当您没有通过以下方式安装 gmx_MMPBSA 时才需要conda 示例:...
conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能计算之前,需要准备好以下文件: 本文假定这些文件放在同一个目录里。 经过长时间的动力学模拟,体系很容易出现由PBC引起的问题,包括:跨周期漂...