conda安装Gromacs 创建虚拟环境 conda create -n gmx 激活虚拟环境 conda activate gmx 搜索可构建的gromacs版本 conda search gromacs -c conda-forge 安装gromacs conda install gromacs=2023.3=nompi_cuda_h6303bc7_3 -c conda-forge
conda create --name Amber24 python=3.12 conda activate Amber24 conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ ambertools AmberTools就安装好了 Gromacs # 创建conda环境 conda create --name gmx python=3.10 conda activate gmx cudatoolkit我这台机子已经有了就不说了...
grep -v HETATM 1AKI.pdb > 1aki_clean.pdb 针对AA到CG的转换,Martini力场开发了专门的工具Martinize。详细信息及安装方法可以参考它的GitHub。或者执行下面两步快速安装(这里建议创建一个新的conda环境进行安装): pip install vermouth pip install git+https://github.com/marrink-lab/vermouth-martinize.git#ve...
应该不能安装2022版本的,conda上已经一年没更新了,不过这个版本应该够用 conda install-y gromacs==2021.3##conda install -y https://anaconda.org/bioconda/gromacs/2021.3/download/linux-64/gromacs-2021.3-nompi_hcc3dda7_0.tar.bz2##conda install -y https://anaconda.org/conda-forge/fftw/3.3.10/downlo...
翻译gromacs教程的时候发现可以通过conda下载conda-forge源下gromacs的编译版本,提供linux/mac 86-64架构设备的构建...
要在conda环境中安装GROMACS 2022,你可以按照以下步骤进行操作: 确认系统中已安装conda: 确保你的系统中已经安装了conda。你可以通过在终端或命令提示符中输入以下命令来检查conda是否已安装: bash conda --version 如果系统提示conda的版本号,则说明conda已安装。如果未安装,你需要先安装conda。 查找gromacs2022的conda...
conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能计算之前,需要准备好以下文件: 本文假定这些文件放在同一个目录里。 经过长时间的动力学模拟,体系很容易出现由PBC引起的问题,包括:跨周期漂...
由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程,用以记录学习过程 gromacs推荐使用conda安装:conda install -c bioconda gromacs下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmx p gromacs无法使用gpu...
condainstall -c conda-forge acpype 目前安装的是2022.1.3版本 安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生成一个C4H6分子: ...
/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/array(243): here)/...