使用conda命令安装GROMACS: 一旦你找到了正确的包名,就可以使用conda命令来安装GROMACS。例如,如果你想要安装GROMACS 2023版本,可以输入以下命令: bash conda install -c bioconda gromacs=2023 这里,-c bioconda指定了从bioconda这个conda频道安装GROMACS。如果GROMACS不在默认的conda频道中,你可能需要指定其他频道。 验证...
conda安装Gromacs 创建虚拟环境 conda create -n gmx 激活虚拟环境 conda activate gmx 搜索可构建的gromacs版本 conda search gromacs -c conda-forge 安装gromacs conda install gromacs=2023.3=nompi_cuda_h6303bc7_3 -c conda-forge
conda create --name Amber24 python=3.12 conda activate Amber24 conda install -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ ambertools AmberTools就安装好了 Gromacs # 创建conda环境 conda create --name gmx python=3.10 conda activate gmx cudatoolkit我这台机子已经有了就不说了...
翻译gromacs教程的时候发现可以通过conda下载conda-forge源下gromacs的编译版本,提供linux/mac 86-64架构设备的构建,还对mpi/cuda库编译版本提供可选构建. 使用`conda install gromacs -c conda-forge`默认下载nompi版本的gromacs,点击 https://anaconda.org/conda-forge/gromacs/files 查看所有可选的构建.注意conda-fo...
您必须使用与构建 GROMACS 时相同的 ABI 版本,它不支持 pre-CXX11 ABI。因此,务必获取(或构建)Libtorch 的 CXX11 ABI 版本。出于同样的原因,也不可能使用 Pytorch 的 conda 安装附带的 Libtorch 版本,因为它默认是使用 pre-CXX11 ABI 构建的。 若“CMAKE_PREFIX_PATH”中找到 Libtorch 安装,或将“Torch_DIR...
由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程,用以记录学习过程 gromacs推荐使用conda安装:conda install -c bioconda gromacs下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmx p gromacs无法使用gpu...
由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程,用以记录学习过程 gromacs推荐使用conda安装:conda install -c bioconda gromacs下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmx p gromacs无法使用gpu...
conda install -c conda-forge gmx_mmpbsa -y 文件准备 在使用gmx_MMPBSA程序进行MM/PBSA结合自由能计算之前,需要准备好以下文件: 本文假定这些文件放在同一个目录里。 经过长时间的动力学模拟,体系很容易出现由PBC引起的问题,包括:跨周期漂...
config --add channels conda-forge）后，然后安装时只需要conda create -n base_name -c conda-...
conda install matplotlib networkx pip # 使用pip安装pymbar和alchemlyb pip install pymbar alchemlyb==0.6.0 下面我们需要将PyAutoFEP添加环境变量,并赋予python文件可执行权限。注意修改文件路径。 echo "export PATH=../PyAutoFEP:$PATH" cd ../PyAutoFEP chmod +x *.py 02大分子靶标和配体输入数据 法尼酯...