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Gromacs # 创建conda环境 conda create --name gmx python=3.10 conda activate gmx cudatoolkit我这台机子已经有了就不说了,反正cuda12.4也能装gromacs2023版本的,cuda版本高的就别装旧版本的gromacs,容易装不上,没必要死磕 安装cmake和fftw apt=get install cmake cd ~/software # 进入上一步建立的software目录...
conda安装Gromacs 创建虚拟环境 conda create -n gmx 激活虚拟环境 conda activate gmx 搜索可构建的gromacs版本 conda search gromacs -c conda-forge 安装gromacs conda install gromacs=2023.3=nompi_cuda_h6303bc7_3 -c conda-forge
确认系统中已安装conda: 确保你的系统中已经安装了conda。你可以通过在终端或命令提示符中输入以下命令来检查conda是否已安装: bash conda --version 如果系统提示conda的版本号,则说明conda已安装。如果未安装,你需要先安装conda。 查找gromacs2022的conda安装命令或包名: 你可以通过conda的搜索功能来查找GROMACS 2022...
conda create -n gromacs ## 不需要指定python版本 conda activate gromacs ##不需要我说这是干啥的吧 然后安装吧,conda会自动为你配置好需要的,只是最终安装好的gromacs是2018版本 conda install -c bioconda gromacs ### 不知道安装了多久 最终安装的gromacs是gromacs-2018.6版本 ...
/home/xx/anaconda3/envs/cp2k/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/9.3.0/optional(1230): ...
conda install -c conda-forge acpype# 安装acpype配置目标文件cd~ vi .bashrcexportPATH=$PATH:/home/casea/miniconda3/bin# 添加语句source.bashrc 5. 安装xmgrace
1 Rocky Linux 9.3系统安装前的准备1.1软硬件基础 两台电脑，一台单路16核的linux系统的电脑和一...
由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程,用以记录学习过程 gromacs推荐使用conda安装:conda install -c bioconda gromacs下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmx p gromacs无法使用gpu...
目前安装的是2022.1.3版本 安装完成之后输入:acpype 提示下图即安装成功: 4.使用acpype 当使用conda方法同时安装ambertools和acpype之后,acpype会自动调用ambertools,生成GROMACS的top、itp文件。 1) acpype可以支持SMILES格式输入,如生成一个C4H6分子: acpype-i CCCC ...