使用cmake安装 cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON \ -DGMX_GPU=CUDA \ -DCUDA_TOOLKIT_ROOT_DIR=/usr/local/cuda-12.4 \ -DCUDA_INCLUDE_DIRS=/usr/local/cuda-12.4/include \ -DCUDA_CUDART_LIBRARY=/usr/local/cuda-12.4/lib64 \ -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/gromacs-2023 make make ch...
https://github.com/CondaPereira/Gromacs_windows_Release/releases(直接下载使用)另外在修改完gmxManage...
的预编译版。（其实2024的版本官方已经放进conda了，但只有linux的）(不知道用VMware虚拟机的conda方便...
Windows下的gromacs2021.6的GPU版本与gromacs2022的CPU版本 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)bbs.keinsci.com/thread-33986-1-1.html CondaPereira/Gromacs_windows_Release: This repo will be a branch of gromacs in windows10/11 which is compiled by MSVC (cl.exe) (git...
建议配置: ( Windows OS 11 部署 )CPU-i7 13700F ~ 13700KF RAM: 16GB DDR4 GPU: RTX3080(12G) 安装conda: 1. 下载安装 miniconda3 : https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html conda是一个包和环境管理工具,它不仅能管理包,还能隔离和管理不同python版本的环境。类似管理nodejs环境的nvm工具。
笔者曾撰写《Centos stream 9 安装Gromacs 2023.1(GPU加速版)教程》和《我对计算化学的探索——之复杂天然产物NMR和ECD计算程序安装》对Linux系统的软件安装进行了详细的介绍。笔者的电脑使用Centos stream 9一段时间后频繁死机,一个计算任务算一两个小时,就无故死机,需要重启,严重影响正常工作,于是笔者决定换用Rocky...
gromacs无法使用gpu加速 由pdb文件生成拓扑文件本文档转写自gromacs教程,用以记录学习过程gromacs推荐使用conda安装:conda install -c biocondagromacs下载pdb文件:从RCSB 其检索号为1aki,wget下载即可去除水分子 对于不需要水分子的模拟,需要用命令除去水分子grep -v HOH 1aki.pdb > 1AKI_clean.pdb生成拓扑文件gmx p...
我首先用conda下载了GROMACS,但发现它不能识别我的GPU。我的系统运行的是ubuntu 19.10和ryzen 3600x & Radeon RX Vega 56。我尝试自己编译gromacs,遵循http://manual.gromacs.org/documentation/2019-rc1/install-guide/index.html上的说明,并使用以下cmake-D 浏览28提问于2020-04-05得票数 0 ...
我首先用conda下载了GROMACS,但发现它不能识别我的GPU。我的系统运行的是ubuntu 19.10和ryzen 3600x & Radeon RX Vega 56。我尝试自己编译gromacs,遵循http://manual.gromacs.org/documentation/2019-rc1/install-guide/index.html上的说明,并使用以下cmake-DGMX_GPU=on -DGMX_USE_OPENCL=on,但我有错误的"hw...
阿里云超算集谛优化GPU异构并行性能:GROMACS 同一个坐标平面内。这种节点维度的呈现方式有利于用户对比节点内不同GPU卡间的负载情况。 指标维度:“集谛”根据用户选取的GPU子设备和性能指标构造出多个坐标平面,每个坐标平面...任一端的性能瓶颈都会拖慢软件的整体性能。因此为了提升GROMACS的软件执行效率,我们选择将CPU...