但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报错，加上pull-coord1-...
pull_coord1_k = 1500 ; 弹簧刚度（kJ mol^-1^ nm^-2^）pull_coord1_start = yes ; ...
这是关键字, 我们将使用bash脚本将其替换为每个窗口的相应值 pull-coord1-start = no ; No:不修改pull-init; Yes:将初始构型的质心距离添加到pull-init ;我们手动指定每个窗口的距离, 因此计算时不需要考虑质心距离 ;}=== 5.生成构型文件 为了运行伞形采样, 我们必须沿反应坐标 ζ 生成一系列构型. 其中的...
沿pull_vec方向进行拉伸。被选圆柱体的半径由pull_r1给定,圆柱体内所有相对重量为1,在 pull_r1和pull_r0之间,重量切换为零。半径必须小于盒子尺寸的一半。 ;position :拉伸到“参照组+pull_init+time*pull_rate*pull_vec” 的位置。 pull_dim = (Y Y Y) ;用于distance和position 的距离组成。 pull_r1: ...
.gro文件如下：（三个粒子位于10纳米的真空盒子里，呈等边三角形，边长为1nm）3 1HOH L 1 ...
comm_mode=;质心运动控制 Linear;限制质心平移 Angular;限制质心平移及绕心转动 No；无限制 nstcomm=;质心移动频率（默认为10步）comm_grps=;组质心设定，默认为整个体系 3Langevindynamics 4Energyminimization emtol=;能量最小化收敛值，默认为10.0KJmol-1nm-1，用于steep emstep=;初始步长，默认为0.01nm，...
Gromacs运行参数跳转到:导航,搜索1Preprocessinginclude=…;指定拓扑结构目录define=;预处理控制拓扑文件-DPOSRES;位置限制restraints-DFLEXIBLE;柔性水代替刚..
GROMACS关键字 1 Preprocessing 1-1 include = … ; 指定拓扑结构目录 1-2 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制restraints -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2 Run control 2-1 integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 ...
沿pull vec方向进行拉伸 被选圆柱体的半径由方向进行拉伸 被选圆柱体的半径由pull r1给定 圆柱体内所有相对重量为给定 圆柱体内所有相对重量为1 在在 pull r1和和pull r0之间 重量切换为零 半径必须小于盒子尺寸的一半 之间 重量切换为零 半径必须小于盒子尺寸的一半 position 拉伸到 拉伸到 参照组参照组 pull ...
Barnett GROMACS教程1: 水 在本入门教程中, 我将向您展示如何创建一个水盒子, 并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟. 模拟完成后我们就可以确定出水的密度. 设置 每一GROMACS模拟都需要三个基本文件: 结构文件(.gro/.pdb), 拓扑文件(.top)和参数文件(.mdp). 结构文件包含系统中每个原子的直角坐标. 拓扑文...