与MEMB连接成为反应坐标。确定好SOLU离膜的初始距离和牵引方向（pull-coord1-vec）后即可开始运行。如下...
pull_coord1_k = 20 ; kJ mol^-1 nm^-2 进行500ps模拟后使用VMD观看轨迹，发现钠原子并不...
另一个甲烷的碳原子 pull-coord1-type = umbrella ; umbrella:简谐势 ; constraint:刚性约束 ; constant-force:恒力, 无须pull-init和pull-rate pull-coord1-geometry = distance ; distance:沿质心间的矢量, 用pull-dim选择分量 ; direction:沿pull-vec方向 ; direction-periodic:同direction, 但距离可超过盒...
沿pull_vec方向进行拉伸。被选圆柱体的半径由pull_r1给定,圆柱体内所有相对重量为1,在 pull_r1和pull_r0之间,重量切换为零。半径必须小于盒子尺寸的一半。 ;position :拉伸到“参照组+pull_init+time*pull_rate*pull_vec” 的位置。 pull_dim = (Y Y Y) ;用于distance和position 的距离组成。 pull_r1: ...
沿pull vec方向进行拉伸 被选圆柱体的半径由方向进行拉伸 被选圆柱体的半径由pull r1给定 圆柱体内所有相对重量为给定 圆柱体内所有相对重量为1 在在 pull r1和和pull r0之间 重量切换为零 半径必须小于盒子尺寸的一半 之间 重量切换为零 半径必须小于盒子尺寸的一半 position 拉伸到 拉伸到 参照组参照组 pull ...
#include "gromacs/math/vec.h" #include "gromacs/math/vectypes.h" #include "gromacs/mdlib/broadcaststructs.h" #include "gromacs/mdlib/groupcoord.h" #include "gromacs/mdlib/mdrun.h" #include "gromacs/mdlib/sim_util.h" @@ -69,11 +70,6 @@ #include "gromacs/utility/smalloc.h" /* ...
rvec *coord_traj; matrix box;int nbFrames = pairwise_forces.get_number_of_frames(); for (int frame = 0; frame < nbFrames; ++frame) { if (frame == 0) read_first_x(oenv, &status, opt2fn("-f", NFILE, fnm), &time, &coord_traj, box); ...
支持的条目有:远程非键、非键、配对、二面体、角度、牵引(longrange-nonbonded, nonbonded, pair, dihedral, angle, pull)和 awh。选择 pair 则使用 mts 估算列出的配对力(例如1-4)。使用 dihedral 时,将选择所有二面体,包括cmap。其他所有力,包括所有约束,都将在每一步都进行评估和整合。当 PME 或 Ewald...
pull_coord1_rate = -0.001 ; 0.001 nm per ps = 1 nm per ns pull_coord1_k ...
atom_vec_atomic.h atom_vec_body.cpp atom_vec_body.h atom_vec_charge.cpp atom_vec_charge.h atom_vec_ellipsoid.cpp atom_vec_ellipsoid.h atom_vec_hybrid.cpp atom_vec_hybrid.h atom_vec_line.cpp atom_vec_line.h atom_vec_sphere.cpp atom_vec_sphere.h atom_vec_tri.cpp atom_vec_tri.h...