pull_coord1_groups = 1 2 ; 与此牵引坐标作用的组的索引 pull_coord1_dim = N N Y ; ...
pull_coord1_groups = 1 2 pull_coord1_start = yes ; define initial COM distance > 0...
使用时盒子在牵引方向不能变 化 ; cylinder:圆柱 pull-coord1-groups = 1 2 ; 对此坐标牵引的两个组(定义见后面). 实际上你可以定义 ;更多的牵引坐标, 也可以在不同的分子组之间进行牵引, 但我们在这里不使用这些选项 pull-coord1-rate = 0.0 ; 速率(nm/ps) ;我们不需要两个组沿坐标方向运动, 因此...
pull_ngroups: (1) ;拉伸组的数目(不包括参照组)。 pull_group0 ;参照组的名字。 pull_weights0 ;见pull_weights1 pull_pbcatom0: (0) ;见pull_pbcatom1 pull_group1: ;拉伸组的名字。 pull_weights1: ;相对重量(乘以原子质量即为质心总重量)。这个数字应该为0 (意味着相对 下载文档 收藏 分享 赏...
.gro文件如下：（三个粒子位于10纳米的真空盒子里，呈等边三角形，边长为1nm）3 1HOH L 1 ...
ewald_rtol = 1e-5 optimize_fft = yes ; Berendsen temperature coupling is on in two groups Tcoupl = Nose-Hoover tc_grps = Protein Non-Protein tau_t = 0.5 0.5 ref_t = 310 310 ; Pressure coupling is on Pcoupl = Parrinello-Rahman pcoupltype = isot...
Barnett GROMACS教程1: 水 在本入门教程中, 我将向您展示如何创建一个水盒子, 并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟. 模拟完成后我们就可以确定出水的密度. 设置 每一GROMACS模拟都需要三个基本文件: 结构文件(.gro/.pdb), 拓扑文件(.top)和参数文件(.mdp). 结构文件包含系统中每个原子的直角坐标. 拓扑文...
pull init pull nstxout 10 写出所有拉伸组质心 坐标 的频率 写出所有拉伸组质心 坐标 的频率 pull nstfout 1 写出所有拉伸组力的频率 写出所有拉伸组力的频率 pull ngroups 1 拉伸组的数目 不包括参照组 拉伸组的数目 不包括参照组 pull group0 参照组的名字 参照组的名字 pull weights0 见见pull weights1...
gmx grompp -v -f minim.mdp -c protein-water.pdb -p protein.top -o protein-water.tpr -maxwarn 1 文件protein-water.tpr可以作为genion的输入。我们设定NA+/CL-的离子终浓度为150mM,其中一个离子会被额外添加以保持体系的中性(-neutral)。genion将会询问使用离子代替哪组粒子,选择溶剂分子(SOL)。在执行...
pull_coord1_groups = 1 2 pull_coord1_dim = N N Y pull_coord1_rate = -0.001 ...