但是计算拉力用到的距离信息在XYZ方向上计算的，所以只在Z方向扩大盒子无法解决报错，加上pull-coord1-...
pull_coord1_rate = 0.005 ; 牵引速率（nm/ps,度/ps）pull_coord1_k = 1500 ; 弹簧刚度...
这是关键字, 我们将使用bash脚本将其替换为每个窗口的相应值 pull-coord1-start = no ; No:不修改pull-init; Yes:将初始构型的质心距离添加到pull-init ;我们手动指定每个窗口的距离, 因此计算时不需要考虑质心距离 ;}=== 5.生成构型文件 为了运行伞形采样, 我们必须沿反应坐标 ζ 生成一系列构型. 其中的...
(特殊注释:做真空模拟,去掉 温度耦合中的“sol”部分。在有补偿离子的模拟中,为离子加入相应的温度耦合参数) ; Time constant (ps) and reference temperature (K) tau_t = 0.1 0.1 ;耦合时间常数(tc-grps 中的每个组对应一个时间常数),-1代表没有温度耦合。 单位为[ps]。 ref_t = 300 300 ;耦合的...
.gro文件如下：（三个粒子位于10纳米的真空盒子里，呈等边三角形，边长为1nm）3 1HOH L 1 ...
init_step=;起始步 comm_mode=;质心运动控制 Linear;限制质心平移 Angular;限制质心平移及绕心转动 No；无限制 nstcomm=;质心移动频率（默认为10步）comm_grps=;组质心设定，默认为整个体系 3Langevindynamics 4Energyminimization emtol=;能量最小化收敛值，默认为10.0KJmol-1nm-1，用于steep emstep=;初始步长...
1 加上一个随机的热力学噪音 加上一个随机的热力学噪音 bd temp K 当当bd fric 0 时 模拟粒子的摩擦因子为其质量除以时 模拟粒子的摩擦因子为其质量除以tau t 这与 这与sd方法一致 随机算子由方法一致 随机算子由ld seed指定 指定 以下几种算法不是 以下几种算法不是integrators 但是也在此处指定 主要用于...
Gromacs运行参数跳转到:导航,搜索1Preprocessinginclude=…;指定拓扑结构目录define=;预处理控制拓扑文件-DPOSRES;位置限制restraints-DFLEXIBLE;柔性水代替刚..
GROMACS关键字 1 Preprocessing 1-1 include = … ; 指定拓扑结构目录 1-2 define = ; 预处理控制拓扑文件 -DPOSRES ; 位置限制restraints -DFLEXIBLE ; 柔性水代替刚性水 2 Run control 2-1 integrator = ; 指定积分算法（仅给出常用算法） md ; 蛙跳牛顿积分算法, 用于平衡动力学积分 ...
Barnett GROMACS教程1: 水 在本入门教程中, 我将向您展示如何创建一个水盒子, 并在恒定的温度和压力下对其进行简单模拟. 模拟完成后我们就可以确定出水的密度. 设置 每一GROMACS模拟都需要三个基本文件: 结构文件(.gro/.pdb), 拓扑文件(.top)和参数文件(.mdp). 结构文件包含系统中每个原子的直角坐标. 拓扑文...