46 把右边的分子定义为一个group，mdp里设置acc-grps为这个组，accelerate设置施加的加速度的矢量，等同...
14、支持acc_grps选项。空间电场(ElectricFields:不支持。混合量子力学与分子力学(QMMM:不支持。4.测试方法Gromacs从4.5版本开始支持GPU加速的分子动力学模拟,GPU部分的计算使用了斯坦福大学生物医学计算研究中心(SimbiosNIHCenterforBiomedicalComputationatStanford的OpenMM库的加速支持,Gromacs和OpenMM两个部分均是开源的。当...
用pull设置实现，两个板定义成两个组，分别设置外力方向。或者设成不同的acc-grps组，分别通过...
comm-grps = ; LANGEVIN DYNAMICS OPTIONS ; Friction coefficient (amu/ps) and random seed bd-...
2，; Non-equilibrium MD stuff = acc-grps = Water accelerate =0.1 0.0 0.0 freezegrps...
的重复测试中选出的最优值,其中CPU上分别采用 非平衡分子动力学(Non-equilibrium MD): 了从1个到32个线程的测试计算,GPU上分别采用了 不支持acc_grps选项。 ECC校验打开和关闭的测试计算。另外在图1中分别 空间电场(Electric Fields): 给出了两个计算体系在不同的计算条件下的计算能 不支持。 力对照柱状图。
分子动力学软件GROMACS在GPU上的应用
compressed-x-grps = System ; save the whole system; Bond parameterscontinuation = yes ; Restarting after NPTconstraint_algorithm = lincs ; holonomic constraintsconstraints = h-bonds ; bonds involving H are constrainedlincs_iter = 1 ; accuracy of LINCSlincs_order = 4 ; also related to accuracy...
compressed-x-grps = System ; save the whole system ; Bond parameters continuation = yes ; Restarting after NPT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = h-bonds ; bonds involving H are constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS ...
energygrps=System;要写出的能量组;近邻列表,相互作用计算参数 nstlist=1;更新近邻列表的频率.1表示每步都更新 ns_type=grid;近邻列表确定方法(simple或grid)coulombtype=PME;计算长程静电的方法.PME为粒子网格Ewald方法,还可以使用cut-off rlist=1.0;短程力近邻列表的截断值 ...