（3）在拉伸方式为constant force的时候，是不是只用定义一个pull-coords1-k就行，那么pull-coords1-...
gromacs4中,pull代码进行了重写,参数定义从pull文件改为了.mdp中定义。拉伸的三种方式也有所变化,把afm和umbrella合并为umbrella(因为本质一样),新增加了常力拉伸(constant_force),即外加力大小一直不变。 pull_vec1和pull_init1的格式是例如:1.0 2.0 3.0。
;如果那样做的话, 就会沿着两个甲烷分子的质心方向进行牵引 pull-group2-name = CB ;另一个甲烷的碳原子 pull-coord1-type = umbrella ; umbrella:简谐势 ; constraint:刚性约束 ; constant-force:恒力, 无须pull-init和pull-rate pull-coord1-geometry = distance ; distance:沿质心间的矢量, 用pull-dim...
pull_r0: (1) [nm] ;cylinder 的外半径。 pull_constr_tol: (1e-6) ;constraint 的相对限制公差。 pull_start ;no :不修改pull_init 。;yes :把初始构象的质心距离添加到pull_init 。 pull_nstxout: (10) ;写出所有拉伸组质心(坐标)的频率。 pull_nstfout: (1) ;写出所有拉伸组力的频率。 pull_...
另外，在使用pull_coord1_type = constant-force后，钠离子被拉动至碳纳米管质心附近，使用gmx trjconv...
2、“设定了一个离子通道蛋白A,和一个离子B，想让B 通过pull的umbrella模式通过通道A”如果是我，我...
Y and Z components of the pairwise force vector; interaction_type is an integer number which represents the type of interaction – for detailed interactions, this is a constant defined in include/pf_interactions.h file and might change depending on the PF2 version (the existing constants will ...
//! Constant force rvec f; }; //! The set of parameters combinations to run the test on const LeapFrogTestParameters parametersSets[] = {{ 1, 0.001, 1, {0.0, 0.0, 0.0}, {0.0, 0.0, 0.0} }, // Zero velocity and force { 1, 0.001, 1, {0.0, 0.0, 0.0}, {-3.0, 2.0, -1.0...
- - -posrefc real 1000 Force constant for position restraints - - -vsite enum none Convert atoms to virtual sites: none, hydrogens or aromatics - - -[no]heavyh bool no Make hydrogen atoms heavy - - -[no]deuterate bool no Change the mass of hydrogens to 2 amu ...
Pull type no umbrella constraint or constant force pull no no 不进行质心拉伸 以下所有拉伸选项都会被忽略 如果存在于 不进行质心拉伸 以下所有拉伸选项都会被忽略 如果存在于 mdp 文件中 文件中 会产生警告 会产生警告 umbrella 在参照组和一个 或多个 组之间 使用伞形势能进行质心拉伸 在参照组和一个 或多...