2.2 横向堆栈条形图 在做流行病学调查时，经常需要在问卷上设置很多选择题。对于一组问题，可以使用 s...
下面我将以R语言自带的anorexia数据集为例介绍函数barplot()的用法。该数据集来自于一项关于不同治疗方式...
使用clusterProfiler包进行GO富集分析，然后利用enrichplot和ggplot2绘制图表。举例：从DOSE包中获取100个基因的EntrezID。执行GO富集分析，选择类型为BP、MF或CC。将结果输出为txt文件。enrichplot包用于绘制GO富集图表，包括barplot和dotplot。ggplot2绘制更为美观的图表，计算Enrichment Factor或Fold Enrichment值...
...柱状图 折线图 保存绘制的图表 柱状图 R 语言中使用 barplot() 函数来创建柱状图,下面绘制一个最简单的柱状图: > data1 数据 > colors 的颜色并设置一下饱和度 > barplot(rbind(data1, data2), main...折线图 此处折线图就不像柱状图一样一步步画了,图表的外观是通用的,柱状图中提到的外观都可...
barplot(BOD$demand,names.arg = BOD$Time) # 有时“条形图”指的是一个图表,其中的条形图代表列每个类型的案例数 # 这类似与直方图,但是x轴是离散的,而不是连续的,这个时候要用table函数生成每个类别的计数 barplot(mtcars$cyl) barplot(table(mtcars$cyl)) ...
冲击图其实添加了堆叠柱状图之间的连线,这对于柱子之间的横向比较会更加容易一些,同堆叠柱状图互为替代。 01. 一条函数和参数解释 result = barplot(otu = "./otutab.txt",tax = "./taxonomy.txt",map = "./metadata.tsv",j = "Phylum",k= 0.01,rep = 6,axis_ord = "KO-OE-WT",label = FALSE,...
一、基础柱状图 1. barplot 命令 基于barplot基础柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...包绘制柱状图 使用ggplot2包的柱状图颜色、方向及分组的绘图示例。...color="white",palette="jco", sort.val="desc",sort.by.groups=FALSE,x.text.angle=90) 3.1 分组绘制柱状图...barCenters, myData$mean + myData$...
堆栈式:横向比较 填充式:纵向比较 使用条形图注意事项 •不要将条形图和直方图混淆,直方图仅反映数值型变量及其分布。 •对条形图的柱子进行排序! •如果一个分组有多个观测值,不要使用条形图。即使带有error bars,它会隐藏数据分布的很多信息,这时候考虑箱线图或小提琴更合适。
进入正题,为什么选择利用ggplot做图,而没用clusterProfiler自带的barplot或dotplot作图,利用ggplot最好的一个是更容易个性化选择自己想要展示的GO条目,这往往为我们讲好自己的生物学故事有很大的帮助。由于每个人需要讲述的生物学故事不同,我这里就只是展示最常规的做法,选取FDR值最小的Top10条目进行展示。
3.1 barplot 3.2 dotplot 4 ggplot2包绘图 4.1 计算Enrichment Factor 4.2 BP\MF\CC各取排名前10的term 4.3 ggplot2画图 4.4 ggplot2美化 4.5 ggplot2分屏绘图 4.5 ggplot2调整排序 5 GOBubble图 5.1 准备circle_dat数据 5.2 绘制GOBubble图 6 GOCircle图 7 GOHeat热图 8 GOChord弦图 9 树状图 通过某些方...