gffread是一个在 Linux 系统中常用的命令行工具,用于解析 GFF(General Feature Format)文件。GFF 文件是一种广泛用于基因组注释的文件格式,它包含了基因、外显子、内含子、启动子等基因组特征的信息。 基础概念 GFF 文件:GFF 文件是一种基于文本的文件格式,用于描述基因组中的特征,如基因、转录本、外显子等。每...
01、下载安装包 下载地址:https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [root@PC1 software]# tar-xzvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz &> /dev/null## 解压[root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64 ...
首先,你需要从GitHub上下载gffread的源代码: bash git clone https://github.com/gpertea/gffread.git 2.2 进入源代码目录 下载完成后,进入gffread的源代码目录: bash cd gffread 2.3 编译安装 在源代码目录中,执行以下命令进行编译和安装: bash make release 这条命令会编译gffread,并生成可执行文件。编译完成...
gffread是根据GFF文件生成注释文件的工具,它可以生成多种不同格式的输出文件,包括GTF(GFF2)、GFF3、BED、FASTA等。其中,提取蛋白序列需要将GFF文件转化为FASTA格式。 使用gffread提取蛋白序列的基本步骤如下: 1.下载和安装gffread工具:首先需要从官方网站或github上下载gffread工具,并进行安装。具体的安装过程可以参考官方...
gffread可用于验证、过滤、转换和对 GFF 文件执行各种其他操作,gffread是Cufflinks里面的一个子工具(TopHat+Cufflinks来用于转录组的组装,但HISAT2+Stingtie搭配使用效果更好,所以这里不介绍Cufflinks软件)。 02 安装 conda install -c bioconda gffread
`gffread`是一个用于从GFF（通用特征格式）文件中提取蛋白质序列的工具，通常与GFF3文件一起使用。以下是使用`gffread`提取蛋白质序列的一般步骤：1.安装`gffread`工具：首先，确保您已经安装了`gffread`工具。它通常与`Cufflinks`或`StringTie`等 RNA-Seq分析工具一起安装。如果没有安装，您可以从相关的软件仓库或...
gffread 不仅可以实现GTF与GFF的互相转换,而且还可以对GFF文件进行过滤处理。可以直接读取GTF文件。 相关database:最好在ucsc上下载。或者cellranger的database包, #下载gtf/gff文档及hg19文件wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_19/gencode.v19.annotation.gtf.gz ...
$ gffread -h 1.5 添加环境变量 $ vim ~/.bashrc export PATH= ~/cufflinks-2.2.1.Linux_x86_64:$PATH $ source ~/.bashrc 2.gffread功能 说明书: http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/gff.shtml#gffread 2.1 gff转gtf $ gffread-TCE10g_v2.0.gff3-oCE10g_v2.0.gtf ...
可以使用conda直接安装gffread软件,具体安装可自行Google或者Baidu 现在以TP53基因为例子提取它所有的转录本的外显子序列 grep ENSG00000141510 gencode.v38.annotation.gtf > TP53.gtf gffread -w TP53_transcripts.fa -g /path/to/GRCh38_primary_assembly.fa TP53.gtf 值得注意的是这一步如果有索引文件会快很多,...
git clone https://github.com/gpertea/gffread cd gffread make release 二、软件的使用 首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -w transcripts.fa ...