生信软件丨01 gffread入门教程。gffread入门使用教程,生信必备#研究生 #生物信息 #科研狗的日常 #科研 #python - 生信指南针于20240630发布在抖音,已经收获了13个喜欢,来抖音,记录美好生活!
01、下载安装包 下载地址:https://github.com/gpertea/gffread 02、解压、调用测试 [root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz [root@PC1 software]# tar-xzvf gffread-0.12.7.Linux_x86_64.tar.gz &> /dev/null## 解压[root@PC1 software]# ls gffread-0.12.7.Linux_x86_64 ...
2.5 gtf转gff $ gffread-LCE10g_v2.0.gtf-o v2.0.gff 2.6 查看gffread具体参数 $ gffread-h Usage:gffread[-g<genomic_seqs_fasta>|][-s<seq_info.fsize>][-o<outfile.gff>][-t<tname>][-r[[<strand>]<chr>:]<start>..<end>[-R]][-CTVNJMKQAFGUBHZWTOLE][-w<exons.fa>][-x<cds.fa>...
gffread是根据GFF文件生成注释文件的工具,它可以生成多种不同格式的输出文件,包括GTF(GFF2)、GFF3、BED、FASTA等。其中,提取蛋白序列需要将GFF文件转化为FASTA格式。 使用gffread提取蛋白序列的基本步骤如下: 1.下载和安装gffread工具:首先需要从官方网站或github上下载gffread工具,并进行安装。具体的安装过程可以参考官方...
`gffread`是一个用于从GFF(通用特征格式)文件中提取蛋白质序列的工具,通常与GFF3文件一起使用。以下是使用`gffread`提取蛋白质序列的一般步骤:1.安装`gffread`工具:首先,确保您已经安装了`gffread`工具。它通常与`Cufflinks`或`StringTie`等 RNA-Seq分析工具一起安装。如果没有安装,您可以从相关的软件仓库或...
gffread 不仅可以实现GTF与GFF的互相转换,而且还可以对GFF文件进行过滤处理。可以直接读取GTF文件。 相关database:最好在ucsc上下载。或者cellranger的database包, #下载gtf/gff文档及hg19文件wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/gencode/Gencode_human/release_19/gencode.v19.annotation.gtf.gz ...
conda install gffread -y 方法3:cufflinks 因为gffread其实是cufflinks自带的一个小软件。所以如果你的系统中已安装过cufflinks,那么就不必再单独安装gffread了。 软件使用示例 使用起来非常简单。 提取转录本序列 gffread genome.gff -g genome.fa -w transcript.fa ...
gffread可用于验证、过滤、转换和对 GFF 文件执行各种其他操作,gffread是Cufflinks里面的一个子工具(TopHat+Cufflinks来用于转录组的组装,但HISAT2+Stingtie搭配使用效果更好,所以这里不介绍Cufflinks软件)。 02 安装 conda install -c bioconda gffread
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| gffread 踩坑记录之二... 估计这个坑没有太多人能踩到。 前两日,有 GSAman 用户校正完基因结构注释后,导出 gff3 文件,用于 htseq-count 会失败。大体报错如下: 很明显,确实是报错。其中输入的是 .gtf 文件。需要明确的是无论是 GSAman 还是 TBtools,只会输出 GFF3 格式,从信息量来说,GSAman 输出的...