CDS是指编码蛋白质的DNA序列。因此,从GFF文件中提取蛋白序列就是获取CDS序列的过程。 gffread是根据GFF文件生成注释文件的工具,它可以生成多种不同格式的输出文件,包括GTF(GFF2)、GFF3、BED、FASTA等。其中,提取蛋白序列需要将GFF文件转化为FASTA格式。 使用gffread提取蛋白序列的基本步骤如下: 1.下载和安装gffread...
gffread Lactuca_sativa_lettuce.gff -g lettuce_genome.fa -x Lactuca_sativa_lettuce_cds.fa 这样就好了,已经生成所有基因的CDS序列文件。 less Lactuca_sativa_lettuce_cds.fa 图2.png ##还可以利用gffread提取参考基因组文件中的转录本,与上面提取CDS序列类似 gffread Lactuca_sativa_lettuce.gtf -g lettuce_gen...
首先是用gffread提取cds序列,蛋白序列,转录本序列 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa gffread genome.gff3 -g genome.fa -w transcripts.fa 接下来我们利用组合工具来提取mRNA,和gene序列 python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=...
gffread: 从基因组提取fa 使用命令gffread -w test.fa -g GRCh38.primary_assembly.genome.fa test.gff3即可实现。 输入文件test.gff3如下所示: 记住:第三类可以写:transcript, protein, cds。不能写其他的字符,不然提取不了。 得到的输出文件test.fa如下所示:...
在进行基因组数据分析时,常常要用到基因组CDS和蛋白文件,有时候注释或下载的基因组没有蛋白文件,需提取并转换,用gffread提取时容易出问题,可能造成移码等,因此使用TBtools进行提取并转换。 Step1. 根据注释文件提取cds文件 [图片] [图片] 得到的cds文件如下: [图片] step2. 将cds序列转换为蛋白序列 [图片] [图...
方法3:cufflinks 因为gffread其实是cufflinks自带的一个小软件。所以如果你的系统中已安装过cufflinks,那么就不必再单独安装gffread了。 软件使用示例 使用起来非常简单。 提取转录本序列 gffread genome.gff -g genome.fa -w transcript.fa 提取cds序列 gffread genome.gff -g genome.fa -x cds.fa ...
前面的流程我使用的是 hisat2比对 samtools sam bam 格式转换 stringtie组装转录本 gffcompare andgffread提取转录本 salmon进行转录本定量 最后获得 85951 Variant 分析阶段小结3-注释碎碎念 /data/msu_rice# 下载相应genome,cds,protein文件和gtf文件到该文件夹# 利用gffread把gff转换为gtf# 重命名如下data/msu_rice...
提取CDS (Coding DNA Sequence): gffread gffread 是 cufflinks 的一个子程序,一般安装 cufflinks 的同时也会被安装上。使用 “gffread -h” 来查看它的用法。这里只介绍其提取 CDS 序列的功能。 【输入文件】 gff 文件 基因组(fasta格式)文件 【用法】...
前面的流程我使用的是 hisat2比对 samtools sam bam 格式转换 stringtie组装转录本 gffcompare andgffread提取转录本 salmon进行转录本定量 最后获得 85351 Variant 分析阶段小结3-注释碎碎念 /data/msu_rice# 下载相应genome,cds,protein文件和gtf文件到该文件夹# 利用gffread把gff转换为gtf# 重命名如下data/msu_rice...
当genome中负链上的碱基有改变:某个A改变成a,这时候提取CDS序列后,会发现是T变t。 那么后面插入一个T就相当于前面插入一个a; 3)gffread是提取序列,不是生成bed文件。 三、我的案例 /data4/software/gffread/gffread /data4/database/human/gencode.v19.annotation.gff3 -g /data4/database/human/hg19.fa...