@文心快码gffread gtf转gff 文心快码 要将GTF文件转换为GFF格式,你可以使用gffread工具,这是Cufflinks软件包中的一个实用程序。以下是具体的步骤和命令: 确认安装gffread工具: 确保你已经安装了gffread。如果没有安装,你可以通过conda或直接从GitHub下载并安装。例如,使用conda安装: bash conda install -c bioconda ...
[root@pc1 gffread]#cd gffread-0.12.7.Linux_x86_64/ ## 进入解压后生成的目录[root@pc1 gffread-0.12.7.Linux_x86_64]#ls ## 不用编译,可以发现课执行程序gffreadLICENSE README.md 003、将注释文件gff格式转换为gtf格式 [root@pc1 test]#ls ## 测试gff文件GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.gff [root...
-L 将Ensembl GTF 转换为 GFF3 conversion (implies -F; should be used with -m) -o 输出"filtered" 后的GFF文件 。 -T -o 参数将输出 GTF格式。 常用示例: GFF转换GTF gffread input.gff3 -T -o out.gtf GTF转换GFF3 gffread input.gtf -o out.gff3 根据GFF或者GTF提取CDS,蛋白质和外显子序列...
以stringTie组装并merge后的结果文件(merged.gtf)为例,参考基因组注释文件为gencode.vM13.annotation.gtf,compare下两者的结果并进行注释 gffcompare -R -r gencode.vM13.annotation.gtf -o strtcmp merged.gtf 输出文件几乎跟cuffcompare一样,除了结果中的.combined.gtf变为.annotated.gtf,但是文件里的格式几乎是一...
gff与gtf转化 #gff2gtf gff转gtf gffread genome.gff3 -T -o genome.gtf #gtf2gff gtf转gff gffread genome.gtf -o- > genome.gff3 获取CDS序列 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fa 获取蛋白序列 gffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fa 获取转录本序列 gffread genome.gff3 -...
如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id "ENSMUST00000193812.1"; gene_id "ENSMUSG00000102693.1"; gene_name "4933401J01Rik"; 从结果上来看,gffread定义的gtf文件变得更为省略了,并且还有做了些限制,...
从GENCODE下载GTF文件和相关参考基因组(GTF版本和参考基因组要保持一致,我这里暂时都是用GRCh38版本进行) 软件准备 可以使用conda直接安装gffread软件,具体安装可自行Google或者Baidu 现在以TP53基因为例子提取它所有的转录本的外显子序列 grep ENSG00000141510 gencode.v38.annotation.gtf > TP53.gtf gffread -w TP53...
gffread - gtf/gff文件转fasta序列 今天有一个需求,就是要将gtf中的转录本转成fasta序列,一开始是想着用bedtools getfasta实现,awk取出来坐标做成bed文件输入bedtools,但是结果发现bedtools是单纯按照坐标取出来的,也懒得自己写脚本取了,搜一下发现cufflinks中有个程序可以实现。
This MATLAB function reads the input GFF or GTF file and writes the mandatory columns to the output GFF file [1].
首先了解一下GTF/GFF的格式 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html 两者的关系如下 安装如下：程序是c++编写的因此并不需要预装一些包，当然也可以使用conda安装。使用的例子如下：程序非常简约，通过 man gffread 查看使用说明 github地址 https://github.com/gpertea/gffread ...