我们使用小鼠NCBI-mm10版本进行评测,统计结果如下,结果显示cufflinks-gffread 和UCSCtools-gff3ToGenePred基本上会丢失很多的feature-type,基本上只留下了CDS和exon,python3-bioinfokit可以多保留一些,包括miRNA、transcript等信息,但都不尽如人意,在复杂的结构注释情况下如此多的信息丢失是不可原谅的,鉴于python3-bioi...
利用Python将gff3转换成gtf格式 前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。没关系,今天小编再给大家介绍一个python下的工具包,可以实现相同的功能。这个工具包对操作系统没有要求,也就是说在windows,linux或者苹果操作系统下面都能用。 下面我...
转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread g...
转换的话需要在linux下进行,Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtfgffread my.gff3 -T -o my.gtf#gtf2gffgffread merged.gtf -o- > merged.gff3 上面这两步是对gff3和gtf格式的文件进行相互转换。 gffread genome.gff3 -g genome.fa -x cds.fagffread genome.gff3 -g genome.fa -y protein.fagffread g...
从结果上可以看出,gffread输出的是其定义后的gff3格式的文件,与输入的相比没有了feature为gene的行,attribures列也变得较为省略 如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"...
HttpMessageConverter(消息转换器 )和@responsebody使用(转) 2019-12-19 17:43 − @responsebody表示该方法的返回结果直接写入HTTP response body中 一般在异步获取数据时使用,在使用@RequestMapping后,返回值通常解析为跳转路径,加上@responsebody后返回结果不会被解析为跳转路径,而是直接写入HTTP response body中。
您好老师，我想问一下我利用gffread把gff文件转换成gtf时，老提示duplicate/invalid 'mRNA' feature ID=...
1)、gffread 这里使用的版本是gffread v0.12.7 gffread test.gff3 -T -o test.gtf 这种方法输出的gtf版本是2.2,结果大概长这样: 2)、agat_convert_sp_gff2gtf.pl from AGAT #下载https://github.com/NBISweden/AGAT # 这里我直接下载的镜像使用 ...
GTF (gene transfer format): 严格的用于基因注释信息的存储 格式转换 使用Cufflinks里面的工具"gffread": 使用conda安装:conda install -c bioconda gffread #gff3 to gtf gffread all.gff3 -T -o all.gtf #gtf to gff3 gffread all.gtf -o- > all.gff3...
从结果上可以看出,gffread输出的是其定义后的gff3格式的文件,与输入的相比没有了feature为gene的行,attribures列也变得较为省略 如:gff转化为gtf gffread gencode.vM13.annotation.gff3 -T -o tmp.gtf 输入文件如下: chr1 HAVANA exon 3073253 3074322 . + . transcript_id"ENSMUST00000193812.1"; gene_id"...