conda install bioconda::gffread 这种方法简单快捷,无需手动下载和解压安装包。 2. 从源代码编译安装 如果你需要从源代码编译安装gffread,可以按照以下步骤进行: 2.1 下载源代码 首先,你需要从GitHub上下载gffread的源代码: bash git clone https://github.com/gpertea/gffread.git 2.2 进入源代码目录 下载完成...
gffread可用于验证、过滤、转换和对 GFF 文件执行各种其他操作,gffread是Cufflinks里面的一个子工具(TopHat+Cufflinks来用于转录组的组装,但HISAT2+Stingtie搭配使用效果更好,所以这里不介绍Cufflinks软件)。 02 安装 conda install -c bioconda gffread 03 用法 gffread [-g <genomic_seqs_fasta> | ][-s <...
可以使用conda直接安装gffread软件,具体安装可自行Google或者Baidu 现在以TP53基因为例子提取它所有的转录本的外显子序列 grep ENSG00000141510 gencode.v38.annotation.gtf > TP53.gtf gffread -w TP53_transcripts.fa -g /path/to/GRCh38_primary_assembly.fa TP53.gtf 值得注意的是这一步如果有索引文件会快很多,...
gffread可以直接实现这个功能,这来自于cufflinks(一直不知道这个老软件竟然还有这个功能),直接conda install cufflinks之后即可使用gffread。使用如下代码即可转换: 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 gffread transcripts.gtf-g reference.fasta-w transcripts.fasta 转出来效果: 使用: 代码语言:javascri...
一、安装 cd～/biosoft gitclonehttps://github.com/gpertea/gffreadcdgffread make release 二、测试 ~/biosoft/gffread/gffread -h 三、使用 使用gffread从gtf文件中提取对应的序列信息 gffread Tissues.A.stringtie.gtf -g ~/Cbp.LG.fasta -w A.transcripts.1.fa...
conda environments use a minimal amount of channels and packages, in recommended ordering Summary by CodeRabbit New Features Introduced a new testing rule for GFF3 files, enhancing compatibility with multiple annotation formats. Added a new GFF3 annotation file defining genomic features for two manuall...
首先了解一下GTF/GFF的格式 https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html 两者的关系如下 安装如下：程序是c++编写的因此并不需要预装一些包，当然也可以使用conda安装。使用的例子如下：程序非常简约，通过 man gffread 查看使用说明 github地址 https://github.com/gpertea/gffread ...
一、获取软件 1、利用conda,简单快捷 conda install gffread 2、下载安装 这里用到了gffread(https://github.com/gpertea/gffread),安装方式如下 (若不理解,见这个为生信学习打造的开源Linux教程真香的软件安装部分): git clone https://github.com/gpertea/gffread ...
conda install gffread -y 方法3:cufflinks 因为gffread其实是cufflinks自带的一个小软件。所以如果你的系统中已安装过cufflinks,那么就不必再单独安装gffread了。 软件使用示例 使用起来非常简单。 提取转录本序列 gffread genome.gff -g genome.fa -w transcript.fa ...
conda install gffread 也直接支持下载,类似的还有gffcompare,可以用来compare, merge, annotate and estimate accuracy of one or more GFF files,并且这个软件是基于cuffcompare开发的,所以gffcompare很多输入和输出文件都与cuffcompare相同 http://cole-trapnell-lab.github.io/cufflinks/cuffcompare/ ...