featurecounts使用参数 "-s <0|1|2> " 来定义链特异性,”0“ 表示普通文库,默认;”1“表示stranded链;”2“表示reversely stranded; 测序方案是链特异性文库。在使用Hisat2或 STAR等比对工具时,通过指明链特异性的参数,会在生成的bam文件中对每一条read添加 “ read 方向” 信息,featurecounts 通过 -s 参数...
4. -s <strandness>:设置测序数据的链特异性。可选值为0、1、2,分别表示不确定、同链、反链。默认为0。 5. -M:多重映射模式。如果一个read可以匹配到多个特征,则该参数指示featurecounts如何处理这种情况。可选值为0、1、2,分别表示直接计入所有特征、计入主要特征、计入所有特征并按权重分配。默认为0。 6....
3、SAM/BAM主要提供read所比对到的染色体/contig,read在染色体上的位置以及CICAR信息,即SAM/BAM中的三列信息,GFF/GTF/SAF主要提供feature identifier(如geneID), chromosomename, start position, end position and strand 这五列信息 4、featurecounts也支持链特异性的read的计数,前提是要提供链特异性的信息,同时fea...
3、SAM/BAM主要提供read所比对到的染色体/contig,read在染色体上的位置以及CICAR信息,即SAM/BAM中的三列信息,GFF/GTF/SAF主要提供featureidentifier(如geneID),chromosomename,start position,end position and strand 这五列信息 4、featurecounts也支持链特异性的read的计数,前提是要提供链特异性的信息,同时featurecoun...
4、featurecounts也支持链特异性的read的计数,前提是要提供链特异性的信息,同时featurecounts也支持用于根据比对结果中的比对质量分数来卡阈值选择合适的比对结果进行定量 5、单端和双端测序 如果是双端测序,这一对read定义了一个DNA/RNA片段的两端,这种情况下,featurecounts会计算片段数(fragment)而不是read数 ...
4、featurecounts也支持链特异性的read的计数,前提是要提供链特异性的信息,同时featurecounts也支持用于根据比对结果中的比对质量分数来卡阈值选择合适的比对结果进行定量 2、单端和双端测序 如果是双端测序,这一对read定义了一个DNA/RNA片段的两端,这种情况下,featurecounts会计算片段数(fragment)而不是read数 ...