write.table(my_gtf,"../qpcr_quantity/my_gtf_qpcr_quantity.gtf",row.names = F,col.names = F,quote = F,sep = "\t") 6、featurecount定量 featureCounts -T 10 -a my_gtf_qpcr_quantity.gtf -o read.count -p -B -C -t exon -g gene_name -f -F GTF *bam.sub 7、查看定量的结果,...
在定量的时候,支持对单个feature 定量(对外显子定量), 也支持对meta-feature 进行定量(对基因进行定量)。 当reads 比对到2个或者以上的features 时,默认情况下,featureCounts在统计时会忽略到这部分reads, 如果你想要统计上这部分reads, 可以添加-O 参数,此时一条reads 比对到多...