通常我们下机得到的数据是raw reads,但是公司通常会质控一份给我们,所以到很多人手上就是clean data了。我们再次使用fastqc来进行测序数据质量查看以及结果分析。 fastqc的操作: 1. FastQC使用 fastqc -f [bam | sam | fastq] -o [output] [filename1 filename2] 常用选项: -f --format:输入文件格式.【bam...
FastQC是一款用于四代测序数据质控的工具,其中包括单端测序和双端测序。本文将介绍双端测序数据的FastQC质控代码。 1.导入双端测序数据 在FastQC中,我们需要将双端测序数据导入到软件中进行分析。我们可以通过以下代码将双端测序数据导入: fastqc -f fastq -noextract -t 8 -o output_dir read1.fastq.gz read2....
-f --format 指定输入文件的格式 --extract 生成的报告默认会打包成1个压缩文件,使用这个参数是让程序不打包 -t --threads 选择程序运行的线程数,每个线程会占用250MB内存,越多越快咯 --min_length 设置序列的最小长度,≥最长read的长度 -c --contaminants 污染物选项,输入的是一个文件,格式是Name [Tab] ...
ls *.gz|while read id;do(fastqc $id -o 1_FastQC_Raw_Data -t 3);done 代码意义 ls *.gz 列出.gz后缀的文件 while do; done 循环 read ID while后读取ID,可读取line,或者(放置进)各种变量 fastqc $id 1_FastQC_Raw_Data fastqc源文件 目的文件夹 -f 指定输入文件的类型,支持多种格式,...
6. Sequence Duplication Levels:序列重复级别较低。表明样本中没有明显的PCR重复或测序重复,数据可靠性高。 7. Overrepresented Sequences:未检测到过多的重复序列。这表明样本中没有明显的污染或引物残留。 综上所述,FastQC报告结果表明测序质量良好,样品适用于后续数据分析和解读。©...
Index of /kali/pool/main/f/fastqc/ File NameFile SizeDate Parent directory/-- fastqc_0.12.1+dfsg-4.debian.tar.xz15.4 KB2024-09-08 21:25 fastqc_0.12.1+dfsg-4.dsc2.1 KB2024-09-08 21:25 fastqc_0.12.1+dfsg-4_all.deb388.2 KB2024-09-08 21:51...
FastQC是Illumina开发的一种用于分析高通量测序数据质量的工具。它可以检测测序数据中的各种质量问题,包括: 1.碱基错误率 2.序列长度分布 3.序列重复率 4.碱基质量分布 5.碱基偏倚 FastQC是一个免费和开源的工具,可以用于各种高通量测序平台,包括Illumina、Ion Torrent、Roche 454等。 FastQC的引用文献如下: 原始论文...
fastqc[-o output dir] [-f fastq|bam|sam] seqfile1 .. seqfile N -o 用来指定输出文件的所在目录 -f 用来强制指定输入文件格式 e.g. /software/FastQC/fastqc -o FastQC_OUT *fastq 输出的文件是包含有网页（html）格式的压缩文件夹，解压后...
敲fastqc -f fastq -o result reads.1.fq.gz reads.2.fq.gz;回车之后程序就开始执行了,运行速度还是比较快的。最终会生成网页文件。 六、使用案例: mkdir result fastqc -f fastq -o result reads.1.fq.gz reads.2.fq.gz 报告模板:bioinformatics.babraham.ac.uk 七、注意事项: 1、数据质控是一个...
FastQC: Avoid NXF langserver warning … 50b681e ewels mentioned this pull request Nov 23, 2024 Fix final language server errors in template nf-core/tools#3294 Open Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment Reviewers No reviews...