fastq dump工具本身并不原生支持多线程处理。它主要是设计为单线程运行的,以简化处理和确保数据的完整性。如何在命令行中使用多线程选项: 由于fastq dump不支持多线程,因此不存在直接的命令行选项来启用多线程处理。如何通过外部工具或脚本来实现fastq dump的多线程处理: ...
#/usr/bin/python #coding=utf-8 import os,sys import zipfile open_path='e:\\data' save_path='e:\\data' os.chdir(open_path)#转到路径 #首先,通过zipfile模块打开指定位置zip文件 #传入文件名列表,及列表文件所在路径,及存储路径 def Decompression ...
1:安装 Linux: curl -Ohttps://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz tar xvf sratoolkit.2.8.2-ubuntu64.tar.gz cd sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin #查看其中可运行的功能 echo export PATH=$PATH:/home/test/app/sratoolkit.2.8.2-ubuntu64/bin >> ~/....
fastq-dump转换SRA文件到fastq文件很慢,并行版本成为趋势; 无论怎么换,先要打好基础,使用并行版本的前提是要保证NCBI的fastq-dump可以在服务器上正常运行。 首先安装Sratoolkit的最新版(v.2.9.2): mkdir -p /path-to-Sratoolkit/ && cd /path-to-Sratoolkit/ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra...