atac-single.sh -1 [1.fq.gz] -2 [2.fq.gz] -o [output_dir] -a [ref.fa] -g [genome_size_file] -j [path_to_picard.jar] -p [processes number] 用户只需要指定输出文件夹,脚本会在该文件夹下自动创建Trim,MAP, prebam, shifted四个文件夹,分别存放Trim后的fq, Map后的sam文件,预处理的...
BAM数据下载 有时候10x fastq不会被上传到数据库,相反客户会上传bam文件(除了FASTQ文件以外,SRA鼓励提交10x BAM文件),bam是Cell GATK推荐的序列存储格式-uBAM 欢迎关注"生信修炼手册"! 二代测序平台产生的数据通常用fastq格式进行存储,fastq 存储了我们最关心的序列和碱基质量的信息。就测序而言,这样的信息当然是...
SAM文件到BAM文件 [samtools] 转换$samtools view -bS SRR8111636.sam > SRR8111636.bam sort: $samtoolssort SRR8111636.bam SRR8111636.sort index: $samtools index SRR8111636.sort.bam BAM文件查测序深度 [samtools] $samtools depth SRR8111636.sort.bam > SRR8111636.depth.txt 染色体 位点位置 位点位置的覆...
atac-single.sh -1 [1.fq.gz] -2 [2.fq.gz] -o [output_dir] -a [ref.fa] -g [genome_size_file] -j [path_to_picard.jar] -p [processes number] 用户只需要指定输出文件夹,脚本会在该文件夹下自动创建Trim,MAP, prebam, shifted四个文件夹,分别存放Trim后的fq, Map后的sam文件,预处理的...
##===查看bam文件 $ samtools view -H SRR3951713.bam |grep -v "SQ" ##===将bam文件转换为bed文件=== bedtools bamtobed -i SRR3951713.bam > SRR3951713.bed
通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要...
10x Genomics BAM to FASTQ converter. Usage: bamtofastq [options] <bam> bamtofastq (-h | --help) bamtofastq --version Usage: bamtofastq [options] <bam> bamtofastq (-h | --help) Options: --locus=<locus> Optional. Only include read pairs mapping to locus. Use chrom:start-end ...
nextflow run nf-core/bamtofastq -profile test,<docker/singularity/.../institute> --outdir './results' To run your own analysis, start by preparing a samplesheet with your input data that looks as follows: samplesheet.csv: sample_id,mapped,index,file_type test,test1.bam,test1.bam.bai,...
9.BAM数据下载 有时候10x fastq不会被上传到数据库,相反客户会上传bam文件(除了FASTQ文件以外,SRA鼓励提交10x BAM文件),bam是Cell Ranger生成的输出文件之一。如果只有bam文件而无FASTQ文件存在,可以在SRA的“Data access”选项卡中找到bams并下载,下载的bam文件使用10x官方提供的转换工具 bamtofastq(https://support...
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹