samtools工具使用fastq命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件,并且可以将单端比对、双端比对的 bam 文件转换为 fastq 文件,使用方法和参数见samtools-fasta 官方文档 双端 # 通过samtools collate 或 samtools sort -n 命令对bam文件排序 samtools collate -u -O in_pos.bam | samtools fastq -1 paired1....
samtools亦可进行bam文件(到fq)的转换 name=my_sample cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name} samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/new samtools fastq /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_...
1、使用samtools ## 将BAM文件按照read name进行排序 samtools sort -n ${SAMPLE}.bam -@ 20 -o ${SAMPLE}_sorted.bam ## 将排序以后BAM转为fastq samtools fastq -@ 20 ${SAMPLE}_sorted.bam -1 ${SAMPLE}_R1.fastq.gz -2 ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -0 /dev/null -s /dev/null -n rm ${SA...
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹
直接转换成fastq 例如可以: bamToFastq -iunmapped.bam-fq unmapped.fastq AI代码助手复制代码 如果需要区分出bam文件中paired reads 可以: bamToFastq -iunmapped.bam-fq unmappedRead1.fastq-fq2 unmappedRead2.fastq AI代码助手复制代码 读到这里,这篇“bam文件怎么转换fastq”文章已经介绍完毕,想要掌握这篇文章...
1:fastq文件转bam/sam:使用比对工具 2:bam转bam(少量,samtools也行) java -jar GATK/GenomeAnalysisTK.jar -R hg19fastadatabase/ucsc.hg19.fasta -T PrintReads -I exon_sort_realign_dedup_mate_recal.bam -o TP53.bam -L chr17:7571720-7590863 ...
你可以使用samtools tview命令或其他基因组浏览器(如IGV)来查看BAM文件的内容。 bash samtools tview sample_sorted.bam reference.fa 注意:samtools tview需要配合参考基因组文件一起使用。 通过以上步骤,你就可以在Ubuntu中将FASTQ文件成功转换为BAM文件,并进行必要的处理和验证。
通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要...
通常比对好的bam,如果需要重新比对,需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装,可以参考我往期的教程:https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 1、软件的使用和说明 bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i<BAM>-fq<FASTQ> ...
目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来,并转换成fastq进行下次比对。 第一步:提取unmapped reads(格式bam) 用到samtools view 选项:-b #表示生成bam格式 -f #“The -f options flags to keep the reads 'Only output alignments with all bits set in INT present in the FLAG field'” 保留你选...