你可以使用samtools tview命令或其他基因组浏览器(如IGV)来查看BAM文件的内容。 bash samtools tview sample_sorted.bam reference.fa 注意:samtools tview需要配合参考基因组文件一起使用。 通过以上步骤,你就可以在Ubuntu中将FASTQ文件成功转换为BAM文件,并进行必要的处理和验证。
1:fastq文件转bam/sam:使用比对工具 2:bam转bam(少量,samtools也行) java -jar GATK/GenomeAnalysisTK.jar -R hg19fastadatabase/ucsc.hg19.fasta -T PrintReads -I exon_sort_realign_dedup_mate_recal.bam -o TP53.bam -L chr17:7571720-7590863 3:bam转sam java -jar picard-tools-1.55/SamFormatConve...
samtools亦可进行bam文件(到fq)的转换 name=my_sample cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name} samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/new samtools fastq /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_...
samtools工具使用fastq命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件,并且可以将单端比对、双端比对的 bam 文件转换为 fastq 文件,使用方法和参数见samtools-fasta 官方文档 双端 # 通过samtools collate 或 samtools sort -n 命令对bam文件排序 samtools collate -u -O in_pos.bam | samtools fastq -1 paired1....
而对于SRR3286802-1-1这类自定义的命名是不能自动去掉后缀的。换句话说,在bam中,PE1和PE2两条reads的名称应该是一样的。这一点也是自己做比对这么久没怎么留意的。 那从sra文件中解压fastq的时候,怎么定义fastq中reads的名称呢?额外加上 fastq-dump--defline-seq'@$ac-$si/$ri' ...
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹
bedtools 转换bam文件为fastq文件 bamToFastq Tool: bedtools bamtofastq (aka bamToFastq)Version: v2.25.0Summary: Convert BAM alignments to FASTQ files. Usage: bamToFastq [OPTIONS]-i <BAM> -fq <FQ>Options: -fq2 FASTQforsecond end. UsedifBAM contains paired-end data. ...
能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序，其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。
bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i<BAM>-fq<FASTQ> 软件说明 2、实例 这里以常见的双端测序文件为例,通过的bam是按照染色体位置排序的,这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序,其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。 #sort ...
## 将BAM文件按照read name进行排序 samtools sort -n ${SAMPLE}.bam -@ 20 -o ${SAMPLE}_sorted.bam ## 将排序以后BAM转为fastq samtools fastq -@ 20 ${SAMPLE}_sorted.bam -1 ${SAMPLE}_R1.fastq.gz -2 ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -0 /dev/null -s /dev/null -n ...