这里以常见的双端测序文件为例,通过的bam是按照染色体位置排序的,这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序,其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。 #sort samtools sort -n input.bam -o input.name.bam #convert bedtools bamtofastq -i input.name.bam \ -fq out.R1.fq \ -f...
这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要先通过samtools sort -n将bam文件改成安装reads名排序，其次通过bedtools bamtofastq将bam转成fastq。