【atac-single.sh】对ATAC的fq.gz文件进行一键前期处理,得到可用的bam文件,文件在最下方... 脚本流程如下: 1、【trim_galore】命令去接头 2、【bwa】进行比对 3、【samtools】进行bam转换 4、【picard】去除Duplication 5、【samtools】进行bam filter,具体参数参考脚本 6、【deeptools】进行ATAC bam shift 7、【...
从FASTQ到BAM经历了什么? 技术标签:测序技术生物信息学 查看原文 HISAT2+STRINGTIE+BALLGOWN 分析转录组数据 ,照葫芦画瓢而已,改一下路径 #输出文件为filename.fastqc.zip,可在网页上看结果,或者Xmanager 6查看,因为文章里的数据很好,不用再进行筛选,就直接下一步 PS, nohup &... hisat2对于染色体X的indexes...
atac-single.sh -1 [1.fq.gz] -2 [2.fq.gz] -o [output_dir] -a [ref.fa] -g [genome_size_file] -j [path_to_picard.jar] -p [processes number] 用户只需要指定输出文件夹,脚本会在该文件夹下自动创建Trim,MAP, prebam, shifted四个文件夹,分别存放Trim后的fq, Map后的sam文件,预处理的...
利用samtools view的-b参数就能把sam文件转为bam文件。 1)sam文件查看方式 在linux终端直接用less即可进行查看; 2)bam文件查看方式 需要借助samtools view工具进行查看 >samtools view filename.bam | less -S >samtools view -h filename.bam | less -S NGS分析中大多数文件都是由header和record两部分组成,加...
vdb-validate validates the sra file, yes. But when I use sam-dump to extract the SAM, how can I validate the SAM? My question is how can we find out if the sam-dump stopped in the middle and yielding a truncated SAM/BAM? This can still happen even when the SRA file is valid. ...
The user can decide to turn-off marking of duplicates. The BQSR step is only performed if the –knownSites input and –out-recal-file output options are provided. QUICK START $ pbrun fq2bam --ref Ref/Homo_sapiens_assembly38.fasta \ --in-fq Data/sample_1.fq.gz Data/sample_2.fq....
--umifile /data/step3/umi.xls \ --outbam /data/normal_1_SortedByCoordinate_addtag.bam Part...
If you want to create a single, interleaved FASTQ fileforpaired-end data, you can justwriteboth to /dev/stdout: bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq 直接转换成fastq 例如可以: bamToFastq -iunmapped.bam-fq unmapped.fastq ...
"ehbio.bam" may be a binary file. See it anyway? 1. 2. 小白:“哎呀,错了,应该这样。” 嗒嗒嗒敲键盘。 $ samtools view ehbio.bam # 回车一敲,灾难,电脑要卡死,赶紧按`control + c` $ samtools view ehbio.bam | less # 这下终于可以查看了 ...
Rsamtools:主要用来读取、写入并处理SAM/BAM文件,同样可以处理相关联的FASTQ文件。 这些工具包各具特色,通用的处理方法包括序列质量评估、读取和过滤等,帮助用户实现对大规模测序数据的高效处理。 四、实战应用案例 在处理FASTQ文件时,ShortRead等包使得用户能够进行一系列高级分析。例如: ...