hifi数据bam转fastq的坑 从bam文件转fastq,一般推荐以下两种方法: bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test1.fq #bam文件转化成fastq samtools bam2fq test.bam test2.fq #bam文件转化成fastq 但是发现bedtools转的fq比samtools转的fq整整多了两倍数量。 diff test1.fq test2.fq > c.fq 然后发现bedtoo...
hifiadapterfilt:将 .bam 转换为 .fastq 并删除带有剩余 PacBio 接头序列的读数。 开发语言:Shell 源码地址:https://github.com/sheinasim/HiFiAdapterFilt/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz 二、安装步骤: 1、依赖安装: yum install cmake gcc-c++ 2、bamtools安装: cd /path/to/bamtools wget https://gi...
然而,要对测序数据进行一些基本的质量检查,将读数与整个基因组进行比对非常重要。STAR或HiSAT2都能够执行此步骤并生成可用于 QC 的BAM文件。 Qualimap工具在它们映射到的基因组区域的上下文中探索对齐读取的特征,从而提供数据质量的整体视图(作为HTML文件)。Qualimap评估的各种质量指标包括: DNA或rRNA污染 5’-3’ 偏差...
for i in `ls *.hifi_reads.bam`; do bash pbadapterfilt.sh -p ${i%%.*} -t 20 ; done 官方说,不用指定文件格式,直接使用-p去指定文件,软件会自动检测工作目录下的所有 .bam, .fastq, .fastq.gz, .fq, .fq.gz 格式的文件。 因为当前服务器任务有点满,所以就先用默认的8个核慢慢跑吧。 结...
prefix -t 48 --hom-cov 90 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq...
您好,这个hifiadapter软件输入必须是bam格式吗,我使用fastq文件他一直报这样的错误:BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/pacbio_vectors_db] in search path[xx我的运行目录],我把hifiadapter软件所在位置、DB所在位置已经加入了环境变量,运行目录还要加入环境变量吗? 赞...
This is the data we are going to use as example. The BAM file was produced from fastq files using HiCUP's standard pipeline to map read pairs to hg19 and perform read-pair quality filtering. Additional filtering (MAPQ value >= 30) ensures unique mappability. Quick start Process BAM file ...
samtools fastq *.bam *.fq samtools fasta *.bam *.fa 3. 看看怎么用 $ hifiasm Usage: hifiasm [options] <in_1.fq> <in_2.fq> <...> Options: Input/Output: -o STR prefix of output files [hifiasm.asm] -t INT number of threads [1] ...
从头组装HiFi数据: 首先使用为长时间、高精度读取而设计的组装程序(如HiCanu、hifiasm或Flye)对HiFi数据...
The BAM file linked just above comes from Rao et al. (2014), limited to intrachromosomal contacts in region chr9:122000000-132000000. This is the data we are going to use as example. The BAM file was produced from fastq files using HiCUP's standard pipeline to map read pairs to hg19 ...