从bam文件转fastq,一般推荐以下两种方法: bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test1.fq #bam文件转化成fastq samtools bam2fq test.bam test2.fq #bam文件转化成fastq 但是发现bedtools转的fq比samtools转的fq整整多了两倍数量。 diff test1.fq test2.fq > c.fq 然后发现bedtools 的结果就是比samtools...
# 5. 将提取的 BAM 文件转换为 FASTQ 格式 samtools bam2fq $output_dir/clean_hifi/${line}.scaffold_specific.bam > $output_dir/clean_hifi/${line}_scaffold_specific_clean.fastq
一、软件介绍: hifiadapterfilt:将 .bam 转换为 .fastq 并删除带有剩余 PacBio 接头序列的读数。 开发语言:Shell 源码地址:https://github.com/sheinasim/HiFiAdapterFilt/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz 二、安装步骤: 1、依赖安装: yum install cma...
1.3. Hifiasm的输出文件 1.3.1. 输出文件 Hifiasm生成gfa格式的组装图（assembly graphs），常见输出...