hifi数据bam转fastq的坑 从bam文件转fastq,一般推荐以下两种方法: bedtools bamtofastq -i test.bam -fq test1.fq #bam文件转化成fastq samtools bam2fq test.bam test2.fq #bam文件转化成fastq 但是发现bedtools转的fq比samtools转的fq整整多了两倍数量。 diff test1.fq test2.fq > c.fq 然后发现bedtoo...
1.pacbio Hifi的下机数据是subreads.bam,需要转换成ccs.reads,使用smrtlink的ccs工具: ccs --maxLength=50000 --minPasses=3 --minPredictedAccuracy=0.99 --reportFile=$report $read1 $ccs 2.将第一步完成的ccs.bam转换成fastq: bam2fastq sequel.ccs.bam -o test gzip -d test.fastq.gz 注:这里发现...
一、软件介绍: hifiadapterfilt:将 .bam 转换为 .fastq 并删除带有剩余 PacBio 接头序列的读数。 开发语言:Shell 源码地址:https://github.com/sheinasim/HiFiAdapterFilt/archive/refs/tags/v2.0.0.tar.gz 二、安装步骤: 1、依赖安装: yum install cma...
然而,要对测序数据进行一些基本的质量检查,将读数与整个基因组进行比对非常重要。STAR或HiSAT2都能够执行此步骤并生成可用于 QC 的BAM文件。 Qualimap工具在它们映射到的基因组区域的上下文中探索对齐读取的特征,从而提供数据质量的整体视图(作为HTML文件)。Qualimap评估的各种质量指标包括: DNA或rRNA污染 5’-3’ 偏差...
-o sample_prefix -t 48 --h1 sample_HiC_1.fq.gz --h2 sample_HiC_2.fq.gz Hifi.fastq.gz...
for i in `ls *.hifi_reads.bam`; do bash pbadapterfilt.sh -p ${i%%.*} -t 20 ; done 官方说,不用指定文件格式,直接使用-p去指定文件,软件会自动检测工作目录下的所有 .bam, .fastq, .fastq.gz, .fq, .fq.gz 格式的文件。 因为当前服务器任务有点满,所以就先用默认的8个核慢慢跑吧。 结...
图10. 拆分后的fastq文件 5. 进行pb-16S-nt流程的分析。 根据要求制作metadata.tsv和sample.tsv两个文件,就可以按照示例进行PacBio全长16S分析流程了。 6. 运行实际样本 代码语言:bash 复制 $nohupnextflow run main.nf--input16S_project/sample.tsv\--metadata16S_project/metadata.tsv-profileconda\--outdir...
# 5. 将提取的 BAM 文件转换为 FASTQ 格式 samtools bam2fq $output_dir/clean_hifi/${line}.scaffold_specific.bam > $output_dir/clean_hifi/${line}_scaffold_specific_clean.fastq
您好,这个hifiadapter软件输入必须是bam格式吗,我使用fastq文件他一直报这样的错误:BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [/pacbio_vectors_db] in search path[xx我的运行目录],我把hifiadapter软件所在位置、DB所在位置已经加入了环境变量,运行目录还要加入环境变量吗? 赞...
DNB分析:用于检测DNA切割位点和修饰位点。需要找到reads在reference genome上切割或标记的位置,然后进行聚类...