1、使用samtools ## 将BAM文件按照read name进行排序 samtools sort -n ${SAMPLE}.bam -@ 20 -o ${SAMPLE}_sorted.bam ## 将排序以后BAM转为fastq samtools fastq -@ 20 ${SAMPLE}_sorted.bam -1 ${SAMPLE}_R1.fastq.gz -2 ${SAMPLE}_R2.fastq.gz -0 /dev/null -s /dev/null -n rm ${SA...
通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装,可以参考我往期的教程:https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 1、软件的使用和说明 bedtools bamtofastq [OPTIONS] -i<BAM>-fq<FASTQ> 软件说明 2、实例 这里以常见的双端测序文件为例,通过的bam是按照染色体位置排序的,这里需要...
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹
通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要...
目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来,并转换成fastq进行下次比对。 第一步:提取unmapped reads(格式bam) 用到samtools view 选项:-b #表示生成bam格式 -f #“The -f options flags to keep the reads 'Only output alignments with all bits set in INT present in the FLAG field'” 保留你选...
链接:https://www.metagenomics.wiki/tools/samtools/converting-bam-to-fastq ©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者 0人点赞 更多精彩内容,就在简书APP "小礼物走一走,来简书关注我" 赞赏支持还没有人赞赏,支持一下 一只烟酒僧一只烟酒僧