用到的程序,samtools和bedtools,都用conda安装。 目标是将第一次比对的bam中unmapped reads提取出来,并转换成fastq进行下次比对。 第一步:提取unmapped reads(格式bam) 用到samtools view 选项:-b #表示生成bam格式 -f #“The -f options flags to keep the reads 'Only output alignments with all bits set ...