将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、BAM或CRAM格式)中的所有对齐打印到SAM格式的...
-H 只输出头 -S 输入文件为SAM格式,如果确实@SQ头,则需要-t选项 sam转化为bam samtools view -bS aln.sam > aln.bam bam转化为sam samtools view -h -o aln.sam aln.bam 另外在利用cufflinks对转录本进行拼接时,cufflinks还需要我们把转换后的bam格式文件进行排序 samtools sort aln.bam >aln.sorted_bam ...
#用samtools工具将SAM转化为BAM文件 with open('{}.bam'.format(i),'w') as output_bam: subprocess.check_call(['samtools', 'view', '-b', '-S','../blast_result/{}.sam'.format(i)],stdout = output_bam) #排序并建立索引,以方便IGV可视化output_sorted_bamfilename = sort_and_index('{}...
BAM(Binary Alignment Map)是SAM的二进制版本。它将SAM文件中的信息转换为二进制格式,从而大大压缩了文件体积。BAM文件通过在SAM的基础上运用二进制编码来实现压缩,使得存储和传输更为高效。 将SAM文件压缩成BAM文件的原理主要基于以下几点: 1.编码方式:BAM使用二进制编码,将SAM文件中的文本信息转换为二进制数据。这...
在老版本1.9的samtools中,需要用-s 指定sam文件,1.14中不需要指定。 samtools view命令完成sam转为bam。 3.1 view命令基础功能 $ samtools view Usage:samtools view[options]<in.bam>|<in.sam>|<in.cram>[region...]Outputoptions:-b,--bamOutputBAM-C,--cramOutputCRAM(requires-T)-1,--fastUsefastBAMco...
1. 使用less或者grep找到对应的行，这里需要考虑header所占的行 grep"@"-V test.sam|head -6021|tail -1 2. 可能是软件版本的问题，看看你header中sam文件对应的版本，以及你使用的samtools软件版本是否匹配 如果SAM文件格式不太清楚的，可以看我的文章天天打豆豆：SAM|BAM文件格式解析 参考 sequence and quality...
1. 使用less或者grep找到对应的行，这里需要考虑header所占的行 grep"@"-V test.sam|head -6021|...
samtools view -bS test.sam > test.bam samtools view -b -S test.sam -o test.bam # 自定义线程数 samtools view -@ 50 -bS test.sam >test.bam 来源:https://bl
生成的sam要转换成bam,再排序,在生成index。都是用samtools这个工具。 一、samtools view samtools view -bS abc.sam > abc.bam 二、samtools sort samtools sort [options] <输入bam文件> <输出bam文件名> 三、samtools index samtools index <排序后的bam文件> ...
# sam文件转bam ls *.sam|while read id ;do (nohup samtools sort -O bam -@ 2 -o $(basename ${id} ".sam").bam ${id} & );done # 这个过程会输出大量中间文件rm *.sam #为bam文件建立索引 ls *.bam |xargs -i samtools index {} ...