samtools view主要用来转换SAM/BAM/CRAM文件。将sam文件与bam文件互换;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(sort)和提取(这些操作 是对bam文件进行的,因而当输入为sam文件的时候,不能进行该操作);最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam(默认的)格式。如果没有指定选项或区域,则将指定的输入对齐文件(SAM、...
samtools view-@50-bS test.sam >test.bam
minimap2 -ax map-ont RNAseq.min RNA.clean.fa.gz >RNA.sam