你可以使用samtools tview命令或其他基因组浏览器(如IGV)来查看BAM文件的内容。 bash samtools tview sample_sorted.bam reference.fa 注意:samtools tview需要配合参考基因组文件一起使用。 通过以上步骤,你就可以在Ubuntu中将FASTQ文件成功转换为BAM文件,并进行必要的处理和验证。
--gzip转换fastq为压缩文件,节省空间。 下载的数据集一般比较大,放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 比对到参考基因组输出bam文件 bwa进行索引构建 bwa index -a bwtsw -p hg19.fa hg19.fa #1. 一个个比对,生成BAM文件,对质量好的测序数据进行比对 sample=SRR3951713 bwa mem -t 2 -R "@RG\tID:$sam...
1:fastq文件转bam/sam:使用比对工具 2:bam转bam(少量,samtools也行) java -jar GATK/GenomeAnalysisTK.jar -R hg19fastadatabase/ucsc.hg19.fasta -T PrintReads -I exon_sort_realign_dedup_mate_recal.bam -o TP53.bam -L chr17:7571720-7590863 3:bam转sam java -jar picard-tools-1.55/SamFormatConve...
samtools亦可进行bam文件(到fq)的转换 name=my_sample cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/01STAR_mapping/${name} samtools sort -n Aligned.sortedByCoord.out.bam -o sort.bam cd /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_lnc/new samtools fastq /Lustre02/mrBug/00.project/19.LKR_36_...
转换后的 fastq 文件 bedtools bamtofastq 可选参数: 命令行 刚开始没有发现用 samtools 将单端比对的 bam 文件转换为 fastq 的方法,就写了一条 linux 命令解决上面的问题。 samtools view in_pos.bam |egrep -v'^@' | awk '{if($3 == "*") print "@"$1"\n"$10"\n" "+" "\n"$11}' >...
通常比对好的bam，如果需要重新比对，需要将文件转成原始的测序文件的格式fastq。通过bedtools中的bamtofastq 能够将文件转成fastq bedtools可以通过conda安装，可以参考我往期的教程： https://www.jianshu.com/p/e82a8d799b13 这里以常见的双端测序文件为例，通过的bam是按照染色体位置排序的，这里需要...
首先从github克隆存储库,包括其依赖项: git clone --recursive https://github.com/jts/bam2fastq 然后转到目录并运行make: cd bam2fastq make 作者 该程序最初由Phillip Dexheimer在HudsonAlpha开发。 它打包在github上,并由Jared Simpson稍加修改。点...
此外，也可以用samtools里面的bam2fq命令 Converting BAM to fastq bam文件转为fastq - 生物信息文件夹
If you want to create a single, interleaved FASTQ fileforpaired-end data, you can justwriteboth to /dev/stdout: bedtools bamtofastq -i x.bam -fq /dev/stdout -fq2 /dev/stdout > x.ilv.fq 直接转换成fastq 例如可以: bamToFastq -iunmapped.bam-fq unmapped.fastq ...
samtools view -h -F 4 blah.bam > blah_only_mapped.sam Creating FASTQ files from a BAM file I found this great tool athttp://www.hudsonalpha.org/gsl/software/bam2fastq.php For example to extract ONLY unaligned from a bam file: