首先,你需要安装一些生物信息学工具,如bwa(用于序列比对)和samtools(用于处理SAM/BAM文件)。 bash sudo apt-get update sudo apt-get install bwa samtools 准备参考基因组: 你需要一个参考基因组(通常是一个FASTA文件),用于将FASTQ文件中的序列进行比对。 假设你的参考基因组文件名为reference.fa,并且已经下载...
使用NCBI提供的SRA-toolkit中的工具fastq-dump直接下载SRR文件,并转换为FASTQ格式,--split-3参数表示如果是双端测序就自动拆分,如果是单端不受影响。--gzip转换fastq为压缩文件,节省空间。 下载的数据集一般比较大,放入后台不中断下载 (nohup cmd &)。 比对到参考基因组输出bam文件 bwa进行索引构建 bwa index -a ...
Converting a BAM file to a SAM file Note: remember to use -h to ensure the converted SAM file contains the header information. Generally, I suggest storing only sorted BAM files as they use much less disk space and are faster to process. samtools view -h NA06984.chrom16.ILLUMINA.bwa.CE...