samtools工具使用fastq命令进行 bam 文件转换为 fastq 文件,并且可以将单端比对、双端比对的 bam 文件转换为 fastq 文件,使用方法和参数见samtools-fasta 官方文档 双端 # 通过samtools collate 或 samtools sort -n 命令对bam文件排序 samtools collate -u -O in_pos.bam | samtools fastq -1 paired1....
你可以使用samtools tview命令或其他基因组浏览器(如IGV)来查看BAM文件的内容。 bash samtools tview sample_sorted.bam reference.fa 注意:samtools tview需要配合参考基因组文件一起使用。 通过以上步骤,你就可以在Ubuntu中将FASTQ文件成功转换为BAM文件,并进行必要的处理和验证。