The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project is an ongoing effort to build a comprehensive public resource to study tissue-specific gene expression and regulation. Samples were collected from 54 non-diseased tissue sites across nearly 1000 individuals, primarily for molecular assays including WGS, WES...
The Genotype-Tissue Expression (GTEx) project is an ongoing effort to build a comprehensive public resource to study tissue-specific gene expression and regulation. Samples were collected from 54 non-diseased tissue sites across nearly 1000 individuals, primarily for molecular assays including WGS, WES...
从这些结果中,可以得出结论,在大多数情况下,仅在一种细胞类型中鉴定出的大多数具有 eQTL 的 eGene 不是由于 eGene 的细胞类型特异性表达,而是可能是由于调节因子的细胞类型特异性表达。 对于剩余的 4102 个 eGene,在两种或多种细胞类型中总共鉴定了 14,230 个 eQTL,尽管对于其中的 1386 个 eGene,观察到细胞...
[1]https://www.eqtlgen.org/ [2]http://www.genenetwork.org/ [3] Using BXD mouse strains in vision research: A systems genetics approach. Eldon E. Geisert, Robert W. Williams. Mol Vis. 2020; 26: 173–187.
reflecting the predicted nature of interactions and of course depending on the physical distance from the gene they regulate. In this review, conventionally, variants within 1 Mb (megabase) on either side of a gene's TSS were calledcis(figure 1), while those at least 5 Mb downstream or upst...
为了弄清楚这些基因变异位点的功能，2021年4月29日，来自日本东京大学的Keishi Fujio和Mineto Ota团队在Cell上发表了文章 Dynamic landscape of immune cell-specific gene regulation in immune-mediated diseases ，通过全基因组测序、RNA-Seq和表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)分析，产生了10...
gene1 ~ snp1 + sex + age + error_term 这里gene1(因变量)一般就是一个基因的表达量,snp1(自变量)就是一个SNP的基因型,两者拟合,矫正相关干扰项(如sex和age等),error_term是指回归模型的误差项。 如果想区分顺式还是反式eQTL,这时候就需要结合基因与SNP的位置信息了。
4.与表观组数据联合分析 eGene富集分析 1.eSNP显著富集区域分析 2.GO功能富集 3.KEGG通路富集 4.基因-疾病表型关联分析 5.候选基因疾病相关性排序 动植物多组学 疾病多组学 癌症多组学 微生物多组学 转录调控和蛋白多组学 表观遗传 研究...
进行eQTL分析，需建立数学模型，如gene1 ~ snp1 + sex + age + error_term，其中gene1为基因表达量，snp1为SNP基因型，矫正干扰项（性别、年龄等），error_term为误差项。区分顺式还是反式eQTL，需结合基因与SNP的位置信息。接下来，将介绍使用“MatrixEQTL”包进行相关分析。
在高等生物中,很多的重要性状都为数量形状,比如农作物的产量,人类复杂疾病(高血液,糖尿病)等等。对于这些数量性状而言,往往受到多个基因的调控作用。为了更好的开展复杂性状的遗传学研究,挖掘调控复杂性状的相关基因,QTL技术应运而生。 QTL全称如下 quantitative trait lici ...