这里myeqtl就是besd文件,按照p值5.0e-08提取rs123的rsid到myquery文件里,myquery文件里就包含EAF,BETA,SE,Freq这些信息。我们不需要提取全部的rsid的信息,只需要按照原文的显著的标准pvalue < 2.02e-05进行提取即可: 代码如下: smr --beqtl-summary myeqtl \ --query 2.02e-05 \ --out myquery 除此之外...
可以自行计算beta和se,并与SMR转换的结果进行对比,确保数据的可靠性。 可视化与解读: 使用R语言中的ggplot2包对处理后的数据进行可视化,如绘制曼哈顿图、散点图等。 根据可视化结果,进一步解读和分析数据,提取有意义的信息和结论。 通过上述步骤,我们可以系统地处理eqtlgen数据,为后续的eQTL分析提供高质量的数据基础。