EAF文件对应不上主文件的原因是因为这个数据库19年更新过一次,主文件改成了19年12月份的版本,而EAF文件仍然是18年的老版本。如果下载18年首发版本的文件,是可以对应上的。 2023-11-24· 江苏 回复喜欢 木制品 作者 可能是,但是他也没配套改掉besd的数据,那后期做smr之类的分析就不好弄了 2023-11-24...
使用SMR软件从besd文件中提取所需的信息,如EAF、BETA、SE、Freq等。 根据显著的标准(如pvalue < 2.02e-05)进行提取。 bash smr --beqtl-summary myeqtl --query 2.02e-05 --out myquery 结果提取与验证: 将SMR分析的结果与显著的cis-eQTLs中的数据进行比对,验证effect allele的一致性。 可以自行计算beta...