目的: 通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins with ZDOCK,Refinement with RDOCK。 所需数据文件:2pt…
在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白-蛋白的对接计算。 本教程中,我们以牛β-胰岛素(PDB 号:2PTN)作为受体蛋白,胰岛素抑制剂CMTI-I(PDB 号:2STA,I 链)将作为配体蛋白为例,使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接,并分析对接的结果。从中选取的一些结合构型,利用RDOCK 进行优化。 1.运行ZDOCK 首先导入受体蛋白...
结果在交互的报告格式里面显示以方便进行进一步的分析及在其它Discovery Studio模块里面的使用。使用Blast搜索PDB或PDB_nr95数据库时,结果文件中可以显示输出蛋白质的SCOP ID, Ligand ID以及X射线分辨率等信息。 基于结构的药物发现和设计模块 ·DS Flexible Docking 受体柔性对接工具(Induced-Fit对接工具),可以实现配体-...
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins with ZDOCK,Refinement with RDOCK。 所需数据文件:2ptn.pdb,2sta_I.pdb。 所需时间:1小时30分钟 介绍 蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。
Discovery Studio 化药 MOE 蛋白质 小分子 分子模拟 分子对接 【敲黑板】4.Discovery studio分子对接结果的可视化 小宋要加油呀呀 Discovery Studio | 使用ZDOCK进行单受体蛋白-多配体蛋白对接 东方科软 35830 [Discovery Studio]用DS进行简单分子对接,几分钟搞定哦 ...
1.2 统计对接结果 统计结果包括计算受体和配体对接pose之间的有利和不利的相互作用。根据选择的范围(分子、链、残基或原子),添加属性以识别蛋白质区域。配体可以根据指定的残留进行过滤,并确定游离配体和结合配体的溶剂可及表面积(SASA)。报告提供总结计算出的相互作用的表格和直方图,为进一步分析提供...
•准备对接的分子体系 •执行分子对接计算 •分析对接结果 •计算对接结果的RMSD值 准备对接的分子体系 1.蛋白和配体文件 的准备 在文件浏览器(Files Explorer)中,找到并双击打开Samples| Tutorials| Receptor-Ligand Interactions| 1s1x_prot.dsv文件。该蛋白将在一个新的三维窗口中打开。(图1)
在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果:基础:对接结果可视化、对接打分、计算结合能;进阶:分子动力学、拉伸分子动力学。在这里我们暂且只介绍基础版。 1.1 对接结果可视化 首先我们将执行分子对接的结果文件打开,选择查看相互作用功能,定义受体和合适的对接pose的配体。然后再点击Ligand Interactions即可...
在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果:基础:对接结果可视化、对接打分、计算结合能;进阶:分子动力学、拉伸分子动力学。在这里我们暂且只介绍基础版。 1.1 对接结果可视化 首先我们将执行分子对接的结果文件打开,选择查看相互作用功能,定义受体和合适的对接pose的配体。然后再点击Ligand Interactions即可...
同时,别忘了计算配体接口的RMSD,以洞察蛋白-蛋白界面的细节。可视化互动:细节揭示的力量 在表格浏览器中,"Non-bond"列犹如解码器,揭示了氢键、Pi-相互作用和盐桥的精细交互,每一种颜色都对应着不同类型的化学键。这就是用Discovery Studio进行蛋白-蛋白对接的完整过程,期待您在实践中发现更多科学...