在Discovery Studio中,我们可以使用ZDOCK来实现蛋白-蛋白的对接计算。 本教程中,我们以牛β-胰岛素(PDB 号:2PTN)作为受体蛋白,胰岛素抑制剂CMTI-I(PDB 号:2STA,I 链)将作为配体蛋白为例,使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接,并分析对接的结果。从中选取的一些结合构型,利用RDOCK 进行优化。 1.运行ZDOCK 首先导入受体蛋白...
【科研绘图】Discovery Studio对接结果分析-从入门到关门 3238 -- 4:07 App Discovery Studio功能讲解——小分子-蛋白分子对接Q&A 1.6万 1 5:42 App 【win11】Autodock-vina分子对接及结果解读 1488 -- 2:27 App Discovery Studio | MMPBSA计算分子动力学轨迹结合能 浏览...
1.2 统计对接结果 分析对接构象参数 统计结果包括计算受体和配体对接pose之间的有利和不利的相互作用。该协议允许计算一组配体姿态上的非键受体-配体相互作用(例如,对接运行的结果)。根据所选择的范围(即分子、链、残基或原子),添加属性以轻松识别相互作用的蛋白质区域。配体可以根据指定的残留选择进行过滤。还可以选择...
Discovery Studio LibDock教程 Libdock – 最快的分子对接技术 目的：采用Libdock，以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例，示范分子对接及结果分析的操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation。所需数据文件：1kim_prot.dsv和kinase_ligands.sd。所需...
目的:采用Libdock,以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例,示范分子对接及结果分析的操作过程。 所需功能和模块:Discovery Studio Visualizer client, DS LibDock, DS Catalyst Conformation。 所需数据文件:1kim_prot.dsv和kinase_ligands.sd。 所需时间:15分钟 ...
Discovery Studio MCSS教程 MCSS –基于片段的分子对接技术 目的：采用MCSS，以一组配体及一个明确活性位点的蛋白质为实例，示范分子对接及结果分析操作过程。所需功能和模块：Discovery Studio Visualizer client， DS MCSS 所需数据文件：1EQG.dsv和1EQG-fragments.sd 所需时间：15-20分钟 介绍 目前，分子对接技术...
目的:通过此教程,了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。 所需功能和模块:Discovery Studio Client,Dock Proteins with ZDOCK,Refinement with RDOCK。 所需数据文件:2ptn.pdb,2sta_I.pdb。 所需时间:1小时30分钟 介绍 蛋白对接技术是一种预测蛋白质相互识别以及相互作用的技术。
1.2 统计对接结果 统计结果包括计算受体和配体对接pose之间的有利和不利的相互作用。根据选择的范围（分子、链、残基或原子），添加属性以识别蛋白质区域。配体可以根据指定的残留进行过滤，并确定游离配体和结合配体的溶剂可及表面积（SASA）。报告提供总结计算出的相互作用的表格和直方图，为进一步分析提供...
同时，别忘了计算配体接口的RMSD，以洞察蛋白-蛋白界面的细节。可视化互动：细节揭示的力量 在表格浏览器中，"Non-bond"列犹如解码器，揭示了氢键、Pi-相互作用和盐桥的精细交互，每一种颜色都对应着不同类型的化学键。这就是用Discovery Studio进行蛋白-蛋白对接的完整过程，期待您在实践中发现更多科学...
在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果:基础:对接结果可视化、对接打分、计算结合能;进阶:分子动力学、拉伸分子动力学。在这里我们暂且只介绍基础版。 1.1 对接结果可视化 首先我们将执行分子对接的结果文件打开,选择查看相互作用功能,定义受体和合适的对接pose的配体。然后再点击Ligand Interactions即可...