计算的结果会输出:Binding Energy(结合自由能)、Ligand Energy(配体能)、Protein Energy(蛋白能)、Complex Energy(复合物能)以及Entropic Energy(熵)。 将蛋白与配体导入至Discovery Studio窗口中打开; 首先需要给蛋白赋予CHARMm力场,点击“Simulation -> Change Forcefield”,Forcefield选择“CHARMm”,然后点击“Apply Fo...
FEP通过模拟两个配体之间的转换来对自由能进行两两估计,而MSLD在模拟中模拟多个配体,可以大大提高效率。 MSLD方法是计算组合文库的相对结合亲和力的最佳方法,该组合文库是在一个引子配体上展开的。在这种方法中,你提供一个目标蛋白质结构,并指定先导体或核心配体、其上的附着点或“位点”,以及一组你想用来装饰核心的...
水平物理过程描述了蛋白质复合物中从溶剂中未结合的配体到结合态的自由能变化。在垂直炼金术过程中，配体1在非结合态和结合态转变为配体2。这是通过一系列非物理中间状态进行计算的。ΔGcomplex - ΔGfree的炼金术相对束缚自由能的计算相当于ΔG2 - ΔG1，但计算成本较低。本教程主要包括以下步骤：制备类似物和...
FEP通过模拟两个配体之间的转换来对自由能进行两两估计,而MSLD在模拟中模拟多个配体,可以大大提高效率。 MSLD方法是计算组合文库的相对结合亲和力的最佳方法,该组合文库是在一个引子配体上展开的。在这种方法中,你提供一个目标蛋白质结构,并指定先导体或核心配体、其上的附着点或“位点”,以及一组你想用来装饰核心的...
水平物理过程描述了蛋白质复合物中从溶剂中未结合的配体到结合态的自由能变化。在垂直炼金术过程中,配体1在非结合态和结合态转变为配体2。这是通过一系列非物理中间状态进行计算的。ΔGcomplex - ΔGfree的炼金术相对束缚自由能的计算相当于ΔG2 - ΔG1,但计算成本较低。 本教程主要包括以下步骤: 制备类似物和...
MSLD计算自由能涉及偏差优化和生产计算。参数设置包括在核心配体上添加化学基团、调整生产相关参数等。在偏差优化中，目标是优化参数，增强每个位点上不同取代基之间的过渡。在生产计算中，对配体的每个位点上的取代基进行采样，并记录每个唯一配体的概率。生产模拟完成后，结合自由配体和蛋白质-配体复合体模拟...
使用Discovery Studio进行自由能计算教程——Free Energy Perturbation 目标是通过一组小分子化合物实例，演示FEP计算及其结果分析过程。所需功能包括Discovery Studio客户端、DS准备类化合物和配体对、DS设置相对FEP计算、DS运行FEP计算、DS整理与分析FEP结果。所需文件为：4YKR_prep.dsv、hsp90_analogs.sd、...
Discovery Studio是一款分子模拟软件,可用于执行多种类型的计算,包括分子动力学模拟、自由能微扰(FEP)模拟等。在蛋白-蛋白对接计算中,Discovery Studio的ZDOCK模块可以用来实现这一目标。 首先,需要导入受体蛋白和配体蛋白的结构。这些蛋白的结构应该在对接前进行处理,包括修复任何缺失的原子或片段。 然后,可以使用ZDOCK...
在Discovery Studio中我们可以通过以下方法来分析分子对接结果:基础:对接结果可视化、对接打分、计算结合能;进阶:分子动力学、拉伸分子动力学。在这里我们暂且只介绍基础版。 1.1 对接结果可视化 首先我们将执行分子对接的结果文件打开,选择查看相互作用功能,定义受体和合适的对接pose的配体。然后再点击Ligand Interactions即可...
Discovery Studio案例一:不做实验也能发高分文章,利用Discovery Studio计算模拟发现新型c-Met抑制剂 一、背景介绍 细胞间质上皮转换因子(c-Met)是受体酪氨酸激酶家族成员,当其与肝细胞生长因子(HGF)结合时,多种细胞信号通路被激活,参与包括增殖、运动、迁移和侵袭等信号通路。在正常生理条件下,c-Met在组织稳态调节中...